Die Präzisionsmedizin bringt ein bedeutenden Paradigmenwechsel in die Arzneimittelforschung und Therapie von Tumorerkrankungen. Bisher nutze die Medizin einheitlichen Behandlungsstrategien für alle. Ein umfassendes genomisches Tumorprofiling (Comprehensive genomic profiling, kurz CGP) ist inzwischen allerdings von außerordentlicher Bedeutung. CGP bezieht sich auf die gleichzeitige Auswertung mehrerer Biomarker in einer Analyse. Mit diesem Ansatz lassen sich nicht nur die wichtigsten prädiktiven Marker für aktuelle zielgerichtete Therapien, sondern auch wichtige immunonkologische Biomarker wie die Tumormutationslast (Tumor mutational burden, TMB) und die Mikrosatelliteninstabilität (Microsatellite instability, MSI) ermitteln. Der TMB ist ein Biomarker, der die Anzahl der somatischen Mutationen im Tumor einer Krebspatienten oder eines Krebspatienten misst und als Mutationen pro Megabase (mut/Mb) quantifiziert wird. Ein weiterer wichtiger Biomarker für die Immuntherapie ist die MSI, die durch das Versagen des DNA-Fehlpaarungsreparatur-Systems (DNA mismatch repair system) verursacht wird.
Die Anwendungsbereiche von CGP sind vielfältig, mit besonderem Fokus auf:
- Stratifizierung von Patientinnen und Patienten für die beste Behandlungswahl
- Identifizierung von Patientinnen und Patienten, die für klinische Studien in Frage kommen
- Förderung der klinischen Forschung, insbesondere auf dem Gebiet der Immuntherapie
Wählen Sie zwischen verschiedenen Produkten, um ein umfassende genomisches Profiling durchzuführen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Tumor Mutational Burden
Wir bieten verschiedene TMB-Produkte für eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Wenn Sie sich für das Tumor-Immuno-Oncology (TIO)-Panel entscheiden, werden Ihre Proben mit dem “Somatischen Tumor-Panel” von CeGaT analysiert. Dieses deckt mehr als 760 krebsassoziierte Gene ab. Darüber hinaus werden 31 therapierelevante Fusionen mit einer hohen Sequenziertiefe analysiert. Das TIO Exome basiert auf der Anreicherung unseres Whole-Exome-Sequencing-Produkts, welches Informationen über mehr als 20.000 Gene bietet. Für beide Produkte werden Proben von Tumor- und Normalgewebe für den Tumor-Normal-Vergleich und die Bestimmung der Biomarker TMB und MSI benötigt. Die Analyse mittels unseres TSO500-Produkts deckt 523 tumorassoziierte Gene ab. Im Gegensatz zu den oben genannten Produkten ist ein Vergleich zwischen Tumor- und Normalgewebe zur Bestimmung von TMB und MSI nicht erforderlich.
Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
Für ein umfassendes genomisches Tumorprofiling mittels Liquid Biopsy (ctDNA) schauen Sie auch in unser Produktportfolio für Liquid Biopsy.
Bioinformatik
Die Analyse unserer TIO-Panel und TIO-Exome-Produkte basiert auf unseren Panel-Sequencing- und Whole-Exome-Sequencing (WES)-Produkten. Die Daten werden bis Level 5 mit der Option ‚Analyse somatischer Krebsmutationen‘ mit der bioinformatischen CeGaT-Pipeline ausgewertet. Zusätzlich zu den bereitgestellten Dateien für Panel Sequencing und WES aus Level 5 wird Ihnen der TMB- und MSI-Status im Projektbericht mitgeteilt.“
Die Analyse unseres TSO500-Produkts basiert auf der TSO500 Bioinformatik-Pipeline (Illumina). Für TSO500 ist nur eine bioinformatische Analysestufe verfügbar. Die Analyse umfasst das Alignment von getrimmten Sequenzierdaten, die Bestimmung und die Annotation von Einzelnukleotid-Varianten (Single nucleotide variants, SNVs), kleinen Insertionen und Deletionen (kurz Indels) sowie von Fusionen. Darüber hinaus werden Kopienzahlveränderungen (Copy number variations, CNVs) und der MSI/TMB-Status ausgewertet. Zusätzlich zu den ausgewerteten Daten erhalten Sie einen Projektbericht.
Technische Information
Bei CeGaT wird die Paired-End-Sequenzierung (2 x 100 bp) mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Genverzeichnis für TIO Panel & TSO500
Weitere Informationen zu Tumor Mutational Burden
Die Tumormutationslast (Tumor Mutational Burden, TMB) ist die Anzahl der Genmutationen, die im Tumor, aber nicht im gesunden Gewebe einer erkrankten Person auftreten. Bei diesen Mutationen handelt es sich also um kodierende, somatische Mutationen. Die Tumormutationslast ist definiert als Mutationen pro Megabase (mut/Mb). Sie ist nicht zu verwechseln mit der Varianten-Allel-Häufigkeit, die nur die Häufigkeit eines Allels angibt. Im Gegensatz dazu ist die Tumormutationslast die Gesamtmenge der Mutationen pro Megabasen in einer Probe. Je nach Tumorentität variiert die Mutationslast: Einige Tumoren weisen keine hohen Mutationsraten auf, wie z. B. das Ewing-Sarkom oder die akute myeloische Leukämie. Andere Krebsarten, wie Melanome oder Plattenepithelkarzinome der Lunge, weisen eine hohe Mutationslast des Tumors auf. Anhand der Tumormutationslast kann der Tumor also als niedrig, mittel oder hoch mutiert eingestuft werden. Die Tumormutationslast ist ein vielversprechender prädiktiver immuntherapeutischer Biomarker, zum Beispiel für die Immun-Checkpoint-Inhibitor-Therapie. Eine solche Immuntherapie ist bei Patientinnen und Patienten mit einer hohen Tumormutationslast besonders wirksam. Eine höhere Anzahl tumorspezifischer Mutationen führt zu einer höheren Anzahl veränderter Proteine, so genannter Neoantigene. Diese Neoantigene unterscheiden sich von den gesunden Proteinen, was zu einer stärkeren Differenzierung des Tumorgewebes gegenüber dem gesunden Gewebe führt.
Sowohl Tumorzellen als auch gesunde Zellen präsentieren Teile ihres Proteingehalts auf ihrer Zelloberfläche. Diese präsentierten Eiweißteile werden auch Peptide genannt. Immunzellen überprüfen regelmäßig die Peptide auf den Oberflächen der Proteine. Wenn die Peptide als fremd erkannt werden, wird das Immunsystem aktiviert. Die Tumorpeptide, die Neoantigene, sind für das Immunsystem fremd. Daher korreliert eine höhere Mutationslast des Tumors mit mehr Mutationen und mehr Neoantigenen, die vom Immunsystem als fremd erkannt werden. Bei einer höheren Mutationslast des Tumors wird das Immunsystem leichter aktiviert.
Ein weiterer immuntherapeutischer Biomarker ist die Mikrosatelliteninstabilität, (Microsatellite Instability, MSI). Die Mikrosatelliteninstabilität zeigt die Anzahl der Mutationen in so genannten Satelliten-Regionen an. Bei diesen Regionen handelt es sich um spezielle DNA-Wiederholungssequenzen. Die Satelliten-Regionen der DNA sind der Hauptbestandteil der funktionellen Zentromere und bilden die Hauptstruktur des Heterochromatins. Ein gestörter DNA-Mismatch-Repair-Mechanismus (MMR) kann zu einer genetischen Hypermutabilität in den Satelliten-Regionen führen, was eine Mikrosatelliteninstabilität zur Folge hat. Die Mikrosatelliteninstabilität wird bei einem niedrigen MSI-Score als stabil und bei einem hohen MSI-Score als instabil eingestuft.
Downloads
Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
