Bei der Genom-Diagnostik (WGS) wird das gesamte Genom sequenziert. Dieser Ansatz ermöglicht den Nachweis struktureller und komplexer Varianten, die mit Exom-basierten Ansätzen nicht vollständig erfasst werden können. Diese Varianten sind für einen kleinen Anteil von Fällen verantwortlich, die auch nach einer hochwertigen Exom-Diagnostik, beispielsweise mit unserem ExomeXtra®, ungeklärt bleiben.
Unser ExomeXtra® ist der effektivste initiale Schritt zur Klärung der genetischen Ursache von Erkrankungen. Es bietet eine unschlagbare Kombination aus Kosteneffizienz und diagnostischer Präzision: Sein einzigartiges Design sorgt für eine tiefe und gleichmäßige Abdeckung nahezu aller krankheitsrelevanten Regionen und ermöglicht dadurch eine hohe Sensitivität sowie klinisch aussagekräftige Ergebnisse. Als Trio-Analyse erzielt ExomeXtra® die höchste diagnostische Ausbeute und klärt den Großteil der Fälle.
Wir bieten die Genom-Diagnostik als Zweitlinientest für seltene, ungelöste Fälle an, wenn etwa strukturelle Mechanismen vermutet werden. Die Genom-Diagnostik wird nach einem unauffälligen Ergebnis der Exom-Diagnostik eingesetzt.
Was wir Ihnen mit diesem Service bieten
Unser Versprechen an Sie
Service Details
- PCR-freies WGS mit reduziertem Library-Bias und verbesserter gleichmäßiger Abdeckung
- 120 Gb Sequenzierungsdaten pro Patientin und Patient
- Nachweis von SNVs, Indels und des vollständigen mitochondrialen Genoms
- Genomweite Analyse struktureller Varianten einschließlich CNVs (auch Mosaikvarianten), Inversionen, Insertionen und Translokationen
- Genomweite Detektion von Loss of Heterozygosity (LOH)
- Screening auf ausgewählte Repeat-Expansionen einschließlich SCA1 (ATXN1), SCA2 (ATXN2), SCA3 (ATXN3), SCA6 (CACNA1A), SCA7 (ATXN7), SCA27B (FGF14), CSTB, HTT, JPH3, NOP56, NIPA1, PABPN1
- Detektion und Befundung tiefer intronischer Varianten, sofern ein Spleißeffekt zu erwarten ist, sowie von Varianten bis zu 1.000 kb upstream oder downstream bekannter Gene
- Pharmakogenetisch relevante Varianten mit hoher Evidenz
- Screening auf ausgewählte Infektionen und Erreger, darunter Toxoplasmose, Varizellen, Cytomegalie, Ringelröteln, Syphilis, Herpes simplex Typ 1 und 2
Beispielbefund
Unsere Standaranforderungen für Proben
- 1 ml –2 ml EDTA-Blut (empfohlene Probenart)
- Genomische DNA (1 µg –2 µg)
- DBS-Karten, Wangenabstriche oder Speichel sind ebenfalls möglich
Hier finden Sie weitere Informationen zum sicheren Versand Ihrer Probe.
Andere Probenmaterialquellen sind auf Anfrage möglich. Bitte beachten Sie, dass bei unzureichender Probenqualität die Analyse fehlschlagen kann. Wenn Sie mehr als eine Option an Proben haben, kontaktieren Sie uns bitte (diagnostic-support@cegat.de) und wir werden Ihnen bei der Auswahl der optimalen Probe für Ihre Patientin oder Ihren Patienten helfen.
Warum Trio ExomeXtra® weiterhin der Test der ersten Wahl ist
ExomeXtra® deckt alle bekannten krankheitsrelevanten kodierenden und nicht-kodierenden Regionen mit einer tiefen und gleichmäßigen Abdeckung (>100×) ab. Das einzigartige Design ermöglicht den Nachweis von SNVs, Indels, CNVs, UPDs, mitochondrialen Varianten, Mosaizismus, Repeat-Expansionen und ausgewählten Infektionen. Diese Variantentypen erklären den Großteil der genetisch bedingten Erkrankungen.
Trio-Analysen erhöhen die Wahrscheinlichkeit zusätzlich, die zugrunde liegende Ursache zu identifizieren. Im Vergleich zu reinen Indexfall-Analyse erzielt die Trio-Diagnostik wesentlich höhere Lösungsraten. Mehrere Kohortenstudien zeigen einen Anstieg der diagnostischen Ausbeute um 5 bis 15 Prozentpunkte1,2,3. Durch die Einbeziehung elterlicher Daten und damit verbundener Vererbungsinformationen verbessert sich die Varianteninterpretation erheblich, insbesondere bei komplexen oder unspezifischen Phänotypen. Demgegenüber führt der Wechsel von der Exom- zur Genomdiagnostik in der Regel nur zu einem zusätzlichen Anstieg der diagnostischen Ausbeute um 1 bis 5 Prozentpunkte4.
Dieser Vergleich belegt, dass Trio ExomeXtra® der geeignetste Ansatz für den ersten diagnostischen Schritt ist. Ein Genom-basierte Ansatz ist deutlich weniger effektiv, da die breitere Abdeckung nur selten in klinisch relevante Zusatzbefunde mündet: Viele der zusätzlich detektierten Varianten fallen in die Kategorie der unklaren Signifikanz, während die geringere Tiefe die Sensitivität in diagnostisch relevanten Regionen einschränkt.
Aus diesen Gründen empfehlen wir ausdrücklich die Genomdiagnostik als Zweitlinien-Test. Ein hochwertiges Exom wie ExomeXtra® bietet für die initiale Diagnostik die beste Kombination aus genetischer Präzision und Kosteneffizienz. Nur bestimmte Variantentypen – wie Inversionen, Translokationen oder komplexe genomische Umlagerungen – erfordern möglicherweise eine genomweite Analyse nach einer negativen exombasierten Untersuchung.
Referenzen
1 Malmgren H, Kvarnung M, et al. (2025) Diagnostic yield of 1000 trio analyses with exome and genome sequencing in a clinical setting. Front. Genet. 16:1580879. doi: 10.3389/fgene.2025.1580879
2 Farwell, Kelly D. et al. (2015) Enhanced utility of family-centered diagnostic exome sequencing with inheritance model–based analysis: results from 500 unselected families with undiagnosed genetic conditions. Genetics in Medicine (2015), Volume 17, Issue 7, 578 – 586
3 Retterer, Kyle et al. (2016) Clinical application of whole-exome sequencing across clinical indications. Genetics in Medicine, Volume 18, Issue 7, 696 – 704
4 Battke, F., Schulze, M., & Schulte, B. (2024). What Is the Real Diagnostic Benefit of Whole-Genome Sequencing?. Preprints. https://doi.org/10.20944/preprints202412.0023.v1
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