Wir freuen uns, dass Sie sich fรผr eine Zusammenarbeit mit uns entschieden haben.
Im Folgenden erfahren Sie, welche Anforderungen wir an Ihre Proben stellen, um ein optimalesย Sequenzierergebnis erzielen zu kรถnnen.
Sollten Sie weitere Fragen zur Menge oder zur Qualitรคt Ihres Probenmaterials haben, zรถgern Sie nicht uns zu kontaktieren. Wir finden auch fรผr Ihre Proben eine Lรถsung!
DNA-Sequenzierung
Produkt | Probenanforderungen | |||
Menge | Konzentration | Volumen | ||
Sequencing | Genome Sequencing | ≥ 600 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 30 µl |
Genome Sequencing (PCR free) | ≥ 1500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 75 µl | |
HiFi Genome Sequencing | ≥ 3000 ng | ≥ 30 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Exome Sequencing | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl | |
ExomeXtra® Sequencing | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Panel Sequencing | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl | |
HiFi Panel Sequencing | ≥ 1000 ng | ≥ 40 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Epigenomics | Methylation Sequencing | ≥ 600 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 30 µl |
HiFi Methylation Sequencing | ≥ 3000 ng | ≥ 30 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Microbiome | Shotgun Metagenomics | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl |
Full Length 16S Sequencing | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Translational | Comprehensive Tumor Profiling (CTP) ● CTP WGS ● CTP WES / CTP EXS | ≥ 600 ng ≥ 300 ng | ≥ 20 ng/µl ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl ≥ 30 µl |
Focused Tumor Profiling | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Liquid Biopsy | ≥ 300 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 30 µl | |
TSO500 | ≥ 600 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 30 µl | |
Immunology | HLA Typing | ≥ 600 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 30 µl |
Bitte quantifizieren Sie die Konzentration Ihrer Probe mit einer fluorometrischen Methode (z. B. Qubit). Die Qualitรคt Ihrer Probe sollte mit Hilfe des Bioanalyzers oder durch Bestimmung der optischen Dichte (OD 260/280 ~ 2,0) weiter beurteilt werden. Wir empfehlen Ihnen die Verwendung von Proben mit hochmolekularer DNA, die mit RNase behandelt wurden und eine OD 260/280 von 1,8 – 2,0 aufweisen. Wenn eine Sequenzier-Library nach unseren speziell ausgewรคhlten oder angepassten Protokollen erstellt wird, ist auch die Sequenzierung von fragmentierter DNA mรถglich. Alle isolierten DNA-Proben sollten in Wasser mit molekularbiologischem Gรผtegrad, 10 mM Tris-HCl pH 8 oder Elutionspuffer, frei von EDTA, geliefert werden.
Bitten senden Sie uns die Proben in 2 ml Rรถhrchen mit Schraubverschluss von Sarstedt oder in 1,5 ml Eppendorf-Rรถhrchen zu. Bei einem Probenumfang โฅ 16 Proben liefern Sie die Proben bitte in „twin.tec PCR-Platten 96, skirted“ von Eppendorf.
Bei geringeren Probenmengen oder degradiertem Probenmaterial kontaktieren Sie uns bitte fรผr weitere Informationen.
RNA-Sequenzierung
Produkt | Probenanforderungen | ||||
Menge | Konzentration | Volumen | Qualität | ||
Sequencing | Coding Transcriptome Sequencing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl | RIN ≥ 8 |
Whole Transcriptome Sequencing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl | RIN ≥ 3 | |
Small RNA Sequencing | ≥ 1000 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 50 µl | RIN ≥ 8 | |
3' Single-Cell RNA Sequencing | 1 Million Zellen | ||||
Single-Cell RNA Sequencing Flex | 2 x 25 µm FFPE-Röllchen (Mensch) / 1 Million fixierte Zellen | ||||
Spatial Transcriptome Sequencing | FFPE-Gewebeblock oder | ||||
Translational Oncology | Focused Tumor Profiling (FTP) FUS T | ≥ 50 ng | ≥ 2,5 ng/µl | ≥ 20 µl | |
Immunology | T-Cell Receptor Sequencing RNA | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Single-Cell Immune Profiling | 1 Million Zellen | ||||
Bitte quantifizieren Sie die Konzentration Ihrer Probe mit einer fluorometrischen Methode (z. B. Qubit). Die Qualitรคt Ihrer Probe sollte mit Hilfe des Bioanalyzers oder durch Bestimmung der optischen Dichte (OD 260/280 ~ 2,0) weiter beurteilt werden. Alle RNA-Proben sind mit DNAase zu behandeln und sollten in Wasser mit molekularbiologischem Gรผtegrad, 10 mM Tris-HCl pH 8 oder Elutionspuffer, frei von EDTA, geliefert werden.
Bitte senden Sie uns die Proben in 2 ml Rรถhrchen mit Schraubverschluss von Sarstedt oder in 1,5 ml Eppendorf-Rรถhrchen zu. Bei einem Probenumfang โฅ 24 Proben liefern Sie die Proben bitte in „twin.tec PCR-Platten 96, skirted“ von Eppendorf.
Fรผr Single-Cell RNA Sequencing und Single-Cell Immune Profiling benรถtigen wir gefrorene Einzelzellsuspensionen. Jede Probe sollte 1 Million Zellen in 1 ml Kryokonservierungsmedium mit einer Zellviabilitรคt > 90 % enthalten. Vor der Kryokonservierung sollten in der Zellsuspension keine groรen Zellaggregate enthalten sein. Bitte liefern Sie die Proben in โtwin.tec PCR-Platten 96, skirtedโ von Eppendorf. Fรผr Single-Cell RNA Sequencing Flex werden 1 Millionen fixierte Zellen oder 2 x 25 ยตm FFPE-Rรถllchen fรผr menschliche Proben und 2 x 50 ยตm FFPE-Rรถllchen fรผr murine Proben benรถtigt, die entsprechend der Probenvorbereitungs-Richtlinien vorbereitet wurden.
Fรผr Spatial Transcriptome Sequencing kann entweder ein FFPE-Gewebeblock oder FFPE-Schnitte auf Objekttrรคgern eingeschickt werden. FFPE-Schnitte mรผssen auf von 10x empfohlene Objekttrรคger aufgezogen und ohne Deckglas eingeschickt werden. Dabei sollte das Gewebe so platziert werden, dass es innerhalb des analysierbaren Bereichs liegt. Weitere Informationen zu empfohlenen Objekttrรคgern und dem Bereich, in dem das Gewebe platziert werden sollte, finden Sie hier. Sollte das Gewebe grรถรer als 6,5 mm x 6,5 mm sein, kรถnnen Sie den fรผr Sie interessanten Bereich auf einem H&E-Bild markieren und uns gemeinsam mit Ihrer Probe zukommen lassen.
Bei geringeren Probenmengen oder degradiertem Probenmaterial kontaktieren Sie uns bitte fรผr weitere Informationen.
Ready to Load Sequencing
Plattform | Probenanforderungen | |
NovaSeq™ X Plus | 120 µl eines 10 nM Library-Pools | |
NovaSeq™ X 6000 | 120 µl eines 10 nM Library-Pools | |
MiSeq | 20 µl eines 10 nM Library-Pools | |
PacBio | 12 µl einer SMRTbell®-Library | |
Die DNA-Konzentration hängt von der Länge des Library-Inserts ab: | ||
Library-Insert-Länge | Konzentration | |
≥ 10 kb | ≥ 20 ng/µl | |
3000 bp – 9999 bp | ≥ 6 ng/µl | |
1500 bp – 2999 bp | ≥ 3 ng/µl | |
500 bp – 1499 bp | ≥ 1 ng/µl | |
Ready-to-Load-Sequencing Librarys fรผr die Illumina-Plattformen mรผssen in 10 mM Tris-HCl, pH 8,5 verdรผnnt werden. PacBio-Librarys mรผssen in PacBio-Elutionspuffer geliefert werden. Wenn wir Ihre benutzerdefinierten Primer fรผr die Sequenzierung Ihrer Library verwenden sollen, senden Sie uns bitte je 30 ยตl Primer mit einer Konzentration von 100 ยตM zu .
Proben fรผr die DNA- und RNA-Isolation
Probenart | Probenanforderungen |
PAXgene RNA Blutentnahmeröhrchen | 3 – 5 ml |
EDTA/PAX-Blutröhrchen | 1 – 2 ml |
Blutkarten | 5 Spots (100 µl) |
Gewebe | 10 – 30 mg (2 mm x 2 mm x 2 mm) |
FFPE-Gewebe (Tumorgehalt > 30 %) | 10 Schnitte (je 10 – 20 µm) |
FFPE-Gewebe (Tumorgehalt > 30 %) für Makrodissektion | 10 Schnitte (je 20 – 30 µm), 1 Schnitt mit 5 µm |
Zellpellets oder Zellen in RLT-Puffer | 1 Million Zellen |
Speichel | ORAgene DNA tube (DNA Genotek) |
Wangenabstrich | ORAcollect DNA tube (DNA Genotek) |
Stuhlproben | CeGaTs Probenentnahme-Kit |
Stuhlproben mรผssen entweder frisch in DNA/RNA Shield gemรคร unserem Probenkit gegeben werden (dann ist kein Einfrieren notwendig) oder direkt eingefroren werden. Auch kรผrzere Lagerzeiten unter anderen Bedingungen kรถnnen die Ergebnisse erheblich verfรคlschen.
Allgemeine Empfehlungen fรผr den Probenversand
Wenn Sie Ihre Proben zur Sequenzierung einsenden, beachten Sie bitte die folgenden Versandbedingungen:
- DNA-Proben sollten gekรผhlt bei 4ยฐ C oder gefroren versandt werden.
- RNA-Proben sollten gefroren auf Trockeneis versandt werden.
- Sequenzier-Librarys sollten gefroren auf Trockeneis versandt werden.
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Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmรถglich um Ihr Anliegen kรผmmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lรถsung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls mรถglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option fรผr die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewรผnschte bioinformatische Analysestufe.
