Probenanforderungen

Unsere Empfehlungen für Ihre Proben

Wir freuen uns, dass Sie sich für eine Zusammenarbeit mit uns entschieden haben.

Im Folgenden erfahren Sie, welche Anforderungen wir an Ihre Proben stellen, um ein optimales Sequenzierergebnis erzielen zu können.

Sollten Sie weitere Fragen zur Menge oder zur Qualität Ihres Probenmaterials haben, zögern Sie nicht uns zu kontaktieren. Wir finden auch für Ihre Proben eine Lösung!

DNA-Sequenzierung

RNA-Sequenzierung

Ready To Load Sequencing

Proben für die DNA- und RNA-Isolation

Kontaktieren Sie uns

DNA-Sequenzierung

	Produkt	Probenanforderungen
	Produkt	Menge	Konzentration	Volumen
Sequencing Services	Genome Sequencing	≥ 500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 25 µl
	Genome Sequencing (PCR free)	≥ 1500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 75 µl
	HiFi Genome Sequencing	≥ 3000 ng	≥ 30 ng/µl	≥ 25 µl
	Exome Sequencing	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
	Panel Sequencing	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
	HiFi Panel Sequencing	≥ 1000 ng	≥ 40 ng/µl	≥ 25 µl
Epigenomics	Methylation Sequencing	≥ 500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 25 µl
Microbiome Analysis	Shotgun Metagenomics	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
Microbiome Analysis	Full Length 16S Sequencing	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
Translational Oncology	Comprehensive Tumor Profiling	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
	Liquid Biopsy	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
	TSO500	≥ 500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 25 µl
Immunology	HLA Typing	≥ 500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 25 µl

Bitte quantifizieren Sie die Konzentration Ihrer Probe mit einer fluorometrischen Methode (z. B. Qubit). Die Qualität Ihrer Probe sollte mit Hilfe des Bioanalyzers oder durch Bestimmung der optischen Dichte (OD 260/280 ~ 2,0) weiter beurteilt werden. Wir empfehlen Ihnen die Verwendung von Proben mit hochmolekularer DNA, die mit RNase behandelt wurden und eine OD 260/280 von 1,8 – 2,0 aufweisen. Wenn eine Sequenzier-Library nach unseren speziell ausgewählten oder angepassten Protokollen erstellt wird, ist auch die Sequenzierung von fragmentierter DNA möglich. Alle isolierten DNA-Proben sollten in Wasser mit molekularbiologischem Gütegrad, 10 mM Tris-HCl pH 8 oder Elutionspuffer, frei von EDTA, geliefert werden.

Bitten senden Sie uns die Proben in 2 ml Röhrchen mit Schraubverschluss von Sarstedt oder in 1,5 ml Eppendorf-Röhrchen zu. Bei einem Probenumfang ≥ 16 Proben liefern Sie die Proben bitte in “twin.tec PCR-Platten 96, skirted” von Eppendorf.

Bei geringeren Probenmengen oder degradiertem Probenmaterial kontaktieren Sie uns bitte für weitere Informationen.

RNA-Sequenzierung

	Produkt	Probenanforderungen
	Produkt	Menge	Konzentration	Volumen	Qualität
Sequencing Services	Coding Transcriptome Sequencing	≥ 500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 25 µl	RIN ≥ 8
	Whole Transcriptome Sequencing	≥ 500 ng	≥ 20 ng/µl	≥ 25 µl	RIN ≥ 3
	Small RNA Sequencing	≥ 1000 ng total RNA	≥ 20 ng/µl	≥ 50 µl	RIN ≥ 8
	Single-Cell RNA Sequencing	1 Million Zellen
Translational Oncology	CTP FUS Panel	≥ 50 ng	≥ 2,5 ng/µl	≥ 20 µl
Immunology	T-Cell Receptor Sequencing RNA	≥ 250 ng	≥ 10 ng/µl	≥ 25 µl
Immunology	Single-Cell Immune Profiling	1 Million Zellen

Bitte senden Sie uns die Proben in 2 ml Röhrchen mit Schraubverschluss von Sarstedt oder in 1,5 ml Eppendorf-Röhrchen zu. Bei einem Probenumfang ≥ 24 Proben liefern Sie die Proben bitte in “twin.tec PCR-Platten 96, skirted” von Eppendorf.

Für Single-Cell RNA Sequencing und Single-Cell Immune Profiling benötigen wir gefrorene Einzelzellsuspensionen. Jede Probe sollte 1 Million Zellen in 1 ml Kryokonservierungsmedium mit einer Zellviabilität > 90% enthalten. Vor der Kryokonservierung sollten in der Zellsuspension keine großen Zellaggregate enthalten sein. Bitte liefern Sie die Proben in “twin.tec PCR-Platten 96, skirted” von Eppendorf.

Bei geringeren Probenmengen oder degradiertem Probenmaterial kontaktieren Sie uns bitte für weitere Informationen.

Ready to Load Sequencing

Plattform	Probenanforderungen
NovaSeq™ X Plus	120 µl eines 10 nM Library-Pools
NovaSeq™ X 6000	120 µl eines 10 nM Library-Pools
MiSeq	20 µl eines 10 nM Library-Pools
PacBio	12 µl einer SMRTbell®-Library
	Die DNA-Konzentration hängt von der Länge des Library-Inserts ab:
	Library-Insert-Länge	Konzentration
	≥ 10 kb	≥ 20 ng/µl
	3000 bp – 9999 bp	≥ 6 ng/µl
	1500 bp – 2999 bp	≥ 3 ng/µl
	500 bp – 1499 bp	≥ 1 ng/µl

Ready-to-Load-Sequencing Librarys für die Illumina-Plattformen müssen in 10 mM Tris-HCl, pH 8,5 verdünnt werden. PacBio-Librarys müssen in PacBio-Elutionspuffer geliefert werden. Wenn wir Ihre benutzerdefinierten Primer für die Sequenzierung Ihrer Library verwenden sollen, senden Sie uns bitte je 30 µl Primer mit einer Konzentration von 100 µM zu .

Proben für die DNA- und RNA-Isolation

Probenart	Probenanforderungen
PAXgene RNA Blutentnahmeröhrchen	3 – 5 ml
EDTA/PAX-Blutröhrchen	1 – 2 ml
Blutkarten	5 Spots (100 µl)
Gewebe	10 – 30 mg (2 mm x 2 mm x 2 mm)
FFPE-Gewebe (Tumorgehalt > 30%)	10 Schnitte (je 10 – 20 µm)
FFPE-Gewebe (Tumorgehalt > 30%) für Makrodissektion	10 Schnitte (je 20 – 30 µm), 1 Schnitt mit 5 µm
Kryokonserviertes Zellpellet	1 Million Zellen
Speichel	ORAgene DNA Tube (DNA Genotek)
Wangenabstrich	ORAcollect DNA Tube (DNA Genotek)
Stuhlproben	CeGaTs Probenentnahme-Kit

Allgemeine Empfehlungen für den Probenversand

Wenn Sie Ihre Proben zur Sequenzierung einsenden, beachten Sie bitte die folgenden Versandbedingungen:

DNA-Proben sollten gekühlt bei 4° C oder gefroren versandt werden.
RNA-Proben sollten gefroren auf Trockeneis versandt werden.
Sequenzier-Librarys sollten gefroren auf Trockeneis versandt werden.

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Probenanforderungen & Versandanleitung

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Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.

Starten Sie Ihr Projekt mit uns

Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.

Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.