Wir freuen uns, dass Sie sich für eine Zusammenarbeit mit uns entschieden haben.
Im Folgenden erfahren Sie, welche Anforderungen wir an Ihre Proben stellen, um ein optimales Sequenzierergebnis erzielen zu können.
Sollten Sie weitere Fragen zur Menge oder zur Qualität Ihres Probenmaterials haben, zögern Sie nicht uns zu kontaktieren. Wir finden auch für Ihre Proben eine Lösung!
DNA-Sequenzierung
Produkt | Probenanforderungen | |||
Menge | Konzentration | Volumen | ||
Sequencing | Genome Sequencing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl |
Genome Sequencing (PCR free) | ≥ 1500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 75 µl | |
HiFi Genome Sequencing | ≥ 3000 ng | ≥ 30 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Exome Sequencing | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
ExomeXtra® Sequencing | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Panel Sequencing | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
HiFi Panel Sequencing | ≥ 1000 ng | ≥ 40 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Epigenomics | Methylation Sequencing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl |
HiFi Methylation Sequencing | ≥ 3000 ng | ≥ 30 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Microbiome | Shotgun Metagenomics | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl |
Full Length 16S Sequencing | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Translational | Comprehensive Tumor Profiling (CTP) ● CTP WGS ● CTP WES / CTP EXS | ≥ 500 ng ≥ 250 ng | ≥ 20 ng/µl ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl ≥ 25 µl |
Focused Tumor Profiling | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Liquid Biopsy | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
TSO500 | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Immunology | HLA Typing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl |
Bitte quantifizieren Sie die Konzentration Ihrer Probe mit einer fluorometrischen Methode (z. B. Qubit). Die Qualität Ihrer Probe sollte mit Hilfe des Bioanalyzers oder durch Bestimmung der optischen Dichte (OD 260/280 ~ 2,0) weiter beurteilt werden. Wir empfehlen Ihnen die Verwendung von Proben mit hochmolekularer DNA, die mit RNase behandelt wurden und eine OD 260/280 von 1,8 – 2,0 aufweisen. Wenn eine Sequenzier-Library nach unseren speziell ausgewählten oder angepassten Protokollen erstellt wird, ist auch die Sequenzierung von fragmentierter DNA möglich. Alle isolierten DNA-Proben sollten in Wasser mit molekularbiologischem Gütegrad, 10 mM Tris-HCl pH 8 oder Elutionspuffer, frei von EDTA, geliefert werden.
Bitten senden Sie uns die Proben in 2 ml Röhrchen mit Schraubverschluss von Sarstedt oder in 1,5 ml Eppendorf-Röhrchen zu. Bei einem Probenumfang ≥ 16 Proben liefern Sie die Proben bitte in „twin.tec PCR-Platten 96, skirted“ von Eppendorf.
Bei geringeren Probenmengen oder degradiertem Probenmaterial kontaktieren Sie uns bitte für weitere Informationen.
RNA-Sequenzierung
Produkt | Probenanforderungen | ||||
Menge | Konzentration | Volumen | Qualität | ||
Sequencing | Coding Transcriptome Sequencing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl | RIN ≥ 8 |
Whole Transcriptome Sequencing | ≥ 500 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 25 µl | RIN ≥ 3 | |
Small RNA Sequencing | ≥ 1000 ng | ≥ 20 ng/µl | ≥ 50 µl | RIN ≥ 8 | |
3' Single-Cell RNA Sequencing | 1 Million Zellen | ||||
Single-Cell RNA Sequencing Flex | 2 x 25 µm FFPE-Röllchen (Mensch) / 1 Million fixierte Zellen | ||||
Spatial Transcriptome Sequencing | FFPE-Gewebeblock oder | ||||
Translational Oncology | Focused Tumor Profiling (FTP) FUS T | ≥ 50 ng | ≥ 2,5 ng/µl | ≥ 20 µl | |
Immunology | T-Cell Receptor Sequencing RNA | ≥ 250 ng | ≥ 10 ng/µl | ≥ 25 µl | |
Single-Cell Immune Profiling | 1 Million Zellen | ||||
Bitte quantifizieren Sie die Konzentration Ihrer Probe mit einer fluorometrischen Methode (z. B. Qubit). Die Qualität Ihrer Probe sollte mit Hilfe des Bioanalyzers oder durch Bestimmung der optischen Dichte (OD 260/280 ~ 2,0) weiter beurteilt werden. Alle RNA-Proben sind mit DNAase zu behandeln und sollten in Wasser mit molekularbiologischem Gütegrad, 10 mM Tris-HCl pH 8 oder Elutionspuffer, frei von EDTA, geliefert werden.
Bitte senden Sie uns die Proben in 2 ml Röhrchen mit Schraubverschluss von Sarstedt oder in 1,5 ml Eppendorf-Röhrchen zu. Bei einem Probenumfang ≥ 24 Proben liefern Sie die Proben bitte in „twin.tec PCR-Platten 96, skirted“ von Eppendorf.
Für Single-Cell RNA Sequencing und Single-Cell Immune Profiling benötigen wir gefrorene Einzelzellsuspensionen. Jede Probe sollte 1 Million Zellen in 1 ml Kryokonservierungsmedium mit einer Zellviabilität > 90 % enthalten. Vor der Kryokonservierung sollten in der Zellsuspension keine großen Zellaggregate enthalten sein. Bitte liefern Sie die Proben in “twin.tec PCR-Platten 96, skirted” von Eppendorf. Für Single-Cell RNA Sequencing Flex werden 1 Millionen fixierte Zellen oder 2 x 25 µm FFPE-Röllchen für menschliche Proben und 2 x 50 µm FFPE-Röllchen für murine Proben benötigt, die entsprechend der Probenvorbereitungs-Richtlinien vorbereitet wurden.
Für Spatial Transcriptome Sequencing kann entweder ein FFPE-Gewebeblock oder FFPE-Schnitte auf Objektträgern eingeschickt werden. FFPE-Schnitte müssen auf von 10x empfohlene Objektträger aufgezogen und ohne Deckglas eingeschickt werden. Dabei sollte das Gewebe so platziert werden, dass es innerhalb des analysierbaren Bereichs liegt. Weitere Informationen zu empfohlenen Objektträgern und dem Bereich, in dem das Gewebe platziert werden sollte, finden Sie hier. Sollte das Gewebe größer als 6,5 mm x 6,5 mm sein, können Sie den für Sie interessanten Bereich auf einem H&E-Bild markieren und uns gemeinsam mit Ihrer Probe zukommen lassen.
Bei geringeren Probenmengen oder degradiertem Probenmaterial kontaktieren Sie uns bitte für weitere Informationen.
Ready to Load Sequencing
Plattform | Probenanforderungen | |
NovaSeq™ X Plus | 120 µl eines 10 nM Library-Pools | |
NovaSeq™ X 6000 | 120 µl eines 10 nM Library-Pools | |
MiSeq | 20 µl eines 10 nM Library-Pools | |
PacBio | 12 µl einer SMRTbell®-Library | |
Die DNA-Konzentration hängt von der Länge des Library-Inserts ab: | ||
Library-Insert-Länge | Konzentration | |
≥ 10 kb | ≥ 20 ng/µl | |
3000 bp – 9999 bp | ≥ 6 ng/µl | |
1500 bp – 2999 bp | ≥ 3 ng/µl | |
500 bp – 1499 bp | ≥ 1 ng/µl | |
Ready-to-Load-Sequencing Librarys für die Illumina-Plattformen müssen in 10 mM Tris-HCl, pH 8,5 verdünnt werden. PacBio-Librarys müssen in PacBio-Elutionspuffer geliefert werden. Wenn wir Ihre benutzerdefinierten Primer für die Sequenzierung Ihrer Library verwenden sollen, senden Sie uns bitte je 30 µl Primer mit einer Konzentration von 100 µM zu .
Proben für die DNA- und RNA-Isolation
Probenart | Probenanforderungen |
PAXgene RNA Blutentnahmeröhrchen | 3 – 5 ml |
EDTA/PAX-Blutröhrchen | 1 – 2 ml |
Blutkarten | 5 Spots (100 µl) |
Gewebe | 10 – 30 mg (2 mm x 2 mm x 2 mm) |
FFPE-Gewebe (Tumorgehalt > 30 %) | 10 Schnitte (je 10 – 20 µm) |
FFPE-Gewebe (Tumorgehalt > 30 %) für Makrodissektion | 10 Schnitte (je 20 – 30 µm), 1 Schnitt mit 5 µm |
Zellpellets oder Zellen in RLT-Puffer | 1 Million Zellen |
Speichel | ORAgene DNA tube (DNA Genotek) |
Wangenabstrich | ORAcollect DNA tube (DNA Genotek) |
Stuhlproben | CeGaTs Probenentnahme-Kit |
Stuhlproben müssen entweder frisch in DNA/RNA Shield gemäß unserem Probenkit gegeben werden (dann ist kein Einfrieren notwendig) oder direkt eingefroren werden. Auch kürzere Lagerzeiten unter anderen Bedingungen können die Ergebnisse erheblich verfälschen.
Allgemeine Empfehlungen für den Probenversand
Wenn Sie Ihre Proben zur Sequenzierung einsenden, beachten Sie bitte die folgenden Versandbedingungen:
- DNA-Proben sollten gekühlt bei 4° C oder gefroren versandt werden.
- RNA-Proben sollten gefroren auf Trockeneis versandt werden.
- Sequenzier-Librarys sollten gefroren auf Trockeneis versandt werden.
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Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
