TSO500

Analysieren Sie Tumorproben mit dem TruSightโ„ข Oncology 500 Assay

Jeder Tumor ist einzigartig. Um einen Tumor richtig zu behandeln ist es daher wichtig, seine molekulare Pathologie zu kennen und zu verstehen. Mithilfe des umfassenden genomischen Tumorprofilings („comprehensive genomic profiling“, CGP) werden hunderte von Genen und Biomarker, die bei Krebserkrankungen relevant sind, gleichzeitig analysiert. Durch die simultane Betrachtung dieser Gene und Biomarker werden die Chancen erhรถht, behandelbare ร„nderungen zu erkennen. Dadurch kรถnnen Ergebnisse schneller zur Verfรผgung gestellt werden und wertvolles Probenmaterial von Biopsien wird gespart. Eine Mรถglichkeit, einen Tumor umfassend zu bestimmen, ist der TruSightโ„ข Oncology 500 Assay. Mit diesem Assay werden 523 Krebs-assoziierte Gene auf Einzelnukleotidvarianten („single nucleotide variants“, SNVs), Insertionen und Deletionen (kurz Indels) und Kopienzahlverรคnderungen („copy number variations“, CNVs) untersucht. Zusรคtzlich werden die Tumormutationslast („tumor mutational burden“, TMB) und die Mikrosatelliteninstabilitรคt („microsatellite instability“, MSI) bestimmt, welche relevante Biomarker bei Tumorerkrankungen darstellen. Der TMB bestimmt die Anzahl der somatischen Mutationen im Tumor einer Krebspatientin oder eines Krebspatienten als Mutationen pro Megabase (mut/Mb). Die MSI gibt Aufschluss รผber das Versagen des DNA-Fehlpaarungsreparatur-Systems („DNA mismatch repair system“).

Die Anwendungsbereiche von TSO500 sind vielfรคltig, mit besonderem Fokus auf:

  • Stratifizierung von Patientinnen und Patienten fรผr die beste Behandlungswahl
  • Identifizierung von Patientinnen und Patienten, die fรผr klinische Studien in Frage kommen
  • Fรถrderung der klinischen Forschung, insbesondere auf dem Gebiet der Immuntherapie

Wรคhlen Sie zwischen verschiedenen TSO500-Produkten, um ein umfassendes genomisches Profiling durchzufรผhren.

CeGaT ist der beste Partner fรผr Ihr Sequenzierprojekt

Hohe
Flexibilitรคt

Skalierbar fรผr unterschiedliche Probenarten, Probenmengen und Probenanforderungen

Akkreditierte
Verfahren

Bearbeitung nach
hรถchsten Qualitรคtsstandards

Hervorragender Kundenservice

Wissenschaftliche Begleitung bei allen Projektschritten

Qualitรคt aus Deutschland

Hausinterne Bearbeitung aller Proben zur Einhaltung unserer zuverlรคssigen und bewรคhrten Qualitรคt

Unser Engagement fรผr Sie

Schnelle Bearbeitung

Bearbeitungszeit
โ‰ค 15 Werktage

Hohe Qualitรคt

Hรถchste Genauigkeit bei allen Prozessen

Sichere Datenlieferung

Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten รผber hausinterne Server

Sichere Aufbewahrung

Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss

Unser Service

Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig โˆ’ von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen wรคhrend des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.

Unser Service umfasst:

  • Ausfรผhrliche Projektberatung
  • Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
  • Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
  • AbschlieรŸender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualitรคt, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen

Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsablรคufen.

Unser Produktportfolio fรผr TSO500

Wir bieten verschiedene TSO500-Produkte fรผr eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergรคnzt werden. Wir beraten Sie gerne.

TSO500

TSO500 ctDNA

Spezies
Mensch

Spezies
Mensch

Sequenzierpanel
TruSight™ Oncology 500

Sequenzierpanel
TruSight™ Oncology 500 ctDNA

Anzahl analysierter Gene
523

Anzahl analysierter Gene
523

Ausgangsmaterial
Frisches eingefrorenes Gewebe, FFPE-Gewebe, hochmolekulare DNA oder fragmentierte DNA (FFPE)

Ausgangsmaterial
Vollblut (z. B. Streck®-Röhrchen), Plasma, andere Körperflüssigkeiten, isolierte Nukleinsäuren

Sequenzierplattform
Illumina

Sequenzierplattform
Illumina

Beinhaltete Leistungen

Projektbericht & TMB/MSI-Bericht, Dateien im FASTQ-, BAM-, VCF- & TSV-Format

Beinhaltete Leistungen
Projektbericht & TMB/MSI-Bericht, Dateien im FASTQ-, BAM-, VCF- & TSV-Format

Bioinformatik

Die sequenzierten Rohdaten (FASTQ-Datei) von TSO500 werden automatisch auf Basis der TSO500-Pipeline (Illumina) verarbeitet. Fรผr TSO500 ctDNA wird fรผr die Analyse die DRAGEN-Pipeline (Illumina) verwendet. Die Analyse umfasst das Alignment der getrimmten Sequenzierdaten (BAM-Datei), die Bestimmung und Annotation von Einzelnukleotid-Varianten („single nucleotide variants“, SNVs) und kleinen Insertionen und Deletionen (Indels) sowie von Fusionen (VCF, TSV und JSON-Dateien). Darรผber hinaus werden Kopienzahlverรคnderungen („copy number variations“, CNVs) (VCF-Datei) und der TMB/MSI Status ausgewertet (TSV-Datei). Zusรคtzlich zu den Daten wird ein Projektbericht erstellt (PDF-Datei).

Unser Prozessablauf

Icon Prozessablauf

Support &
Angebot

Support & Angebot

Icon zur Darstellung eines Prozessablaufs
Icon Prozessablauf

Probeneingang & Qualitรคtskontrolle

Icon zur Darstellung eines Prozessablaufs
Icon Prozessablauf

Vorbereitung der Library & Sequenzierung

Icon zur Darstellung eines Prozessablaufs
Icon Prozessablauf

Bioinformatische Analysen & Datenversand

Technische Information

Bei CeGaT verwenden wir die Paired-End-Sequenzierung mit 2 x 100 bp fรผr TSO500. Fรผr unser TSO500 ctDNA Produkt wird die Paired-End Sequenzierung mit 2 x 150 bp durchgefรผhrt. Beide Produkte werden mit den Sequenzierplattformen von Illumina sequenziert. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benรถtigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir kรถnnen Ihnen weitere Lรถsungen anbieten.

Genverzeichnis

ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2

Downloads

TSO500 Flyer (DE)
Neue Version fรผr TSO500 ctDNA

Kontaktieren Sie uns

Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmรถglich um Ihr Anliegen kรผmmern.

Mit (*) gekennzeichnete Felder sind Pflichtfelder und mรผssen ausgefรผllt werden.

Starten Sie Ihr Projekt mit uns

Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lรถsung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.

Bitte geben Sie, falls mรถglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option fรผr die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewรผnschte bioinformatische Analysestufe.