Jeder Tumor ist einzigartig. Um einen Tumor richtig zu behandeln ist es daher wichtig, seine molekulare Pathologie zu kennen und zu verstehen. Mithilfe des umfassenden genomischen Tumorprofilings (“comprehensive genomic profiling”, CGP) werden hunderte von Genen und Biomarker, die bei Krebserkrankungen relevant sind, gleichzeitig analysiert. Durch die simultane Betrachtung dieser Gene und Biomarker werden die Chancen erhöht, behandelbare Änderungen zu erkennen. Dadurch können Ergebnisse schneller zur Verfügung gestellt werden und wertvolles Probenmaterial von Biopsien wird gespart. Eine Möglichkeit, einen Tumor umfassend zu bestimmen, ist der TruSight™ Oncology 500 Assay. Mit diesem Assay werden 523 Krebs-assoziierte Gene auf Einzelnukleotidvarianten (“single nucleotide variants”, SNVs), Insertionen und Deletionen (kurz Indels) und Kopienzahlveränderungen (“copy number variations”, CNVs) untersucht. Zusätzlich werden die Tumormutationslast (“tumor mutational burden”, TMB) und die Mikrosatelliteninstabilität (“microsatellite instability”, MSI) bestimmt, welche relevante Biomarker bei Tumorerkrankungen darstellen. Der TMB bestimmt die Anzahl der somatischen Mutationen im Tumor einer Krebspatientin oder eines Krebspatienten als Mutationen pro Megabase (mut/Mb). Die MSI gibt Aufschluss über das Versagen des DNA-Fehlpaarungsreparatur-Systems (“DNA mismatch repair system”).
Die Anwendungsbereiche von TSO500 sind vielfältig, mit besonderem Fokus auf:
- Stratifizierung von Patientinnen und Patienten für die beste Behandlungswahl
- Identifizierung von Patientinnen und Patienten, die für klinische Studien in Frage kommen
- Förderung der klinischen Forschung, insbesondere auf dem Gebiet der Immuntherapie
Wählen Sie zwischen verschiedenen TSO500-Produkten, um ein umfassendes genomisches Profiling durchzuführen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für TSO500
Wir bieten verschiedene TSO500-Produkte für eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
TSO500 | TSO500 ctDNA |
Spezies | Spezies |
Sequenzierpanel | Sequenzierpanel |
Anzahl analysierter Gene | Anzahl analysierter Gene |
Ausgangsmaterial | Ausgangsmaterial |
Sequenzierplattform | Sequenzierplattform |
Beinhaltete Leistungen Projektbericht & TMB/MSI-Bericht, Dateien im FASTQ-, BAM-, VCF- & TSV-Format | Beinhaltete Leistungen |
Bioinformatik
Die sequenzierten Rohdaten (FASTQ-Datei) von TSO500 werden automatisch auf Basis der TSO500-Pipeline (Illumina) verarbeitet. Für TSO500 ctDNA wird für die Analyse die DRAGEN-Pipeline (Illumina) verwendet. Die Analyse umfasst das Alignment der getrimmten Sequenzierdaten (BAM-Datei), die Bestimmung und Annotation von Einzelnukleotid-Varianten (“single nucleotide variants”, SNVs) und kleinen Insertionen und Deletionen (Indels) sowie von Fusionen (VCF, TSV und JSON-Dateien). Darüber hinaus werden Kopienzahlveränderungen (“copy number variations”, CNVs) (VCF-Datei) und der TMB/MSI Status ausgewertet (TSV-Datei). Zusätzlich zu den Daten wird ein Projektbericht erstellt (PDF-Datei).
Technische Information
Bei CeGaT wird die Paired-End-Sequenzierung (2 x 100 bp) mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Genverzeichnis
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Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.