Die blutbasierte Analyse von zirkulierenden Tumorzellen oder von Nukleinsäuren, die vom Tumor stammen, wird als Liquid Biopsy (Flüssigbiopsie) bezeichnet. Das Hauptziel dieser Methode ist die Analyse zellfreier DNA (cell-free DNA, kurz cfDNA), die von nekrotischen und apoptotischen Zellen in den Blutkreislauf abgegeben wird. Erhöhte Werte von cfDNA können bei Patientinnen und Patienten mit Krebs und anderen Erkrankungen festgestellt werden. Da nur ein kleiner Teil der zirkulierenden DNA aus dem Tumor stammt (circulating tumor DNA, ctDNA), sind hochsensible Nachweisverfahren erforderlich.
Die Anwendungsmöglichkeiten von Flüssigbiopsien sind vielfältig und weisen gegenüber der konventionellen Gewebeanalyse deutliche Vorteile auf: Unter anderem basiert die Analyse von Flüssigbiopsien auf einer einfachen Blutentnahme und kann daher leicht wiederholt werden.
Anwendungsbereiche von Flüssigbiopsien sind:
- Überwachung von Tumorerkrankungen
- Überwachung des Therapieansprechens
- Stratifizierung von Patientinnen und Patienten sowie deren Behandlungsauswahl
- Nachweis einer minimalen Resterkrankung
- Frühzeitige Erkennung und Profiling einer Therapieresistenz
Wir bieten verschiedene Liquid-Biopsy-Produkte an, um zuverlässige und genaue Einblicke in die zellfreie DNA zu erhalten.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Liquid Biopsy
Wir bieten verschiedene Liquid-Biopsy (LB)-Produkte für eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Wenn Sie LB Target wählen, entscheiden Sie sich für einen ddPCR-Ansatz (droplet digital PCR, kurz ddPCR). Dieser Ansatz eignet sich besonders für die Überwachung einzelner Genvarianten. LB Focus zielt auf ausgewählte krebsassoziierte Gene ab. Bei diesem Next-Generation-Sequencing-basierten Ansatz wird ein von CeGaT entwickeltes Gen-Panel verwendet. Wenn Sie sich für LB Exploratory entscheiden, erhalten Sie ein umfassendes genomisches Profiling von cfDNA, unter Verwendung des TSO500 ctDNA Assays von Illumina.
Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
Bioinformatik
Für LB Target sind die Ergebnisse der ddPCR als Rohdaten (DDPCR, QLP-Dateien) und verarbeitete XLSX-Dateien (Kopien/µl, Tröpfchenanzahl usw.) verfügbar. Zusätzlich zu den Daten wird ein Projektbericht erstellt (PDF-Datei).
Für LB Focus werden die sequenzierten Rohdaten (FASTQ-Datei) automatisch auf Basis unserer eigenen Bioinformatik-Pipeline verarbeitet. Die gelieferten Dateien für LB Focus entsprechen den Dateien beim Panel Sequencing Level 4. Zusätzlich zu den Daten wird ein Projektbericht erstellt (PDF-Datei).
Für LB Exploratory werden die sequenzierten Rohdaten (FASTQ-Datei) automatisch auf Basis der TSO500-Pipeline (Illumina) verarbeitet. Die Analyse für LB Exploratory umfasst das Alignment der getrimmten Sequenzierdaten (BAM-Datei), die Bestimmung und Annotation von Einzelnukleotid-Varianten (Single nucleotide variants, SNVs) und kleinen Insertionen und Deletionen (Indels) sowie von Fusionen (VCF, TSV und JSON-Dateien). Darüber hinaus werden Kopienzahlveränderungen (Copy number variations, CNVs) (VCF-Datei) und der MSI/TMB-Status ausgewertet (TSV-Datei). Zusätzlich zu den Daten wird ein Projektbericht erstellt (PDF-Datei).
Da LB Flex auf unserem Whole-Exome-Sequencing- oder Panel-Sequencing-Produkt basiert, werden die sequenzierten Rohdaten automatisch auf Basis unserer eigenen Bioinformatik-Pipeline verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen für LB Flex an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der niedrigeren Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Level 1:
- Demultiplexing und Adapter-Trimming der Sequenzierdaten (FASTQ-Datei)
Level 2:
- Mapping der Sequenzierdaten (BAM-Datei)
Level 3:
- Bestimmung von SNVs und Indels (VCF-Datei)
Level 4:
- Annotation von SNVs und Indels (TSV Datei)
- Bestimmung von CNVs und großen homozygoten Deletionen (TSV Datei)
Technische Information
Bei CeGaT wird die ddPCR mit dem QX200 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad) durchgeführt. Die Paired-End-Sequenzierung (2 x 100 bp) wird mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Genverzeichnis für LB Focus & LB Flex
Weitere Informationen zu Liquid Biopsy
Die Analyse der zellfreien Tumor-DNA hat gegenüber der herkömmlichen Gewebeanalyse mehrere entscheidende Vorteile:
- Die Analyse stellt immer ein aktuelles Bild der Erkrankung dar.
- Sie gibt Aufschluss über die Heterogenität des gesamten Tumors und nicht nur eines kleinen Teils davon.
- Die Analyse basiert auf einer einfachen Blutentnahme. Das bedeutet, dass die Untersuchung patientenfreundlich, nicht-invasiv und leicht wiederholbar ist.
Diese Vorteile eröffnen ein weites Einsatzspektrum. Wir werden Ihnen zwei Beispiele für mögliche Anwendungen geben.
Für die Durchführung einer klinischen Studie, z. B. für ein relativ neues Medikament, möchte man vielleicht die möglichen Wirkungen ermitteln, Patientinnen und Patienten, die auf das Medikament ansprechen, identifizieren, den dahinter stehenden Reaktionsmechanismus verstehen, mögliche Biomarker identifizieren, die Entwicklungsdynamik des Tumors verfolgen und Resistenzmechanismen aufdecken. Für diese Zwecke haben wir unser Liquid Biopsy Exploratory Produkt entwickelt. Dieses Produkt umfasst ein großes Panel von mehr als 520 krebsassoziierten Genen sowie immunonkologische Biomarker. Darüber hinaus werden sogenannte UMIs verwendet und wir sequenzieren mit einer sehr hohen Sequenziertiefe. Somit kombiniert Liquid Biopsy Exploratory eine umfassende genomische Profilerstellung aus Plasma mit einer hohen Sensitivität.
Ein weiteres Anwendungsgebiet von Liquid Biopsy ist das Monitoring einer Tumorerkrankung und deren Therapieansprechen. Liquid Biopsys können eingesetzt werden, wenn der Tumor der erkrankten Person und die Treibermutationen bereits analysiert und bekannt sind und die Person eine stabile Erkrankung oder sogar ein vollständiges Ansprechen auf die Therapie zeigt, aber das Risiko eines Rückfalls besteht. Mit Liquid Biopsys kann ein mögliches Auftreten von Resterkrankungen und Rezidiven so früh wie möglich erkannt werden. Zu diesem Zweck ist unser Produkt Liquid Biopsy Focus gut geeignet. Anstelle eines großen Panels konzentriert sich die Analyse auf eine relativ kleine Anzahl ausgewählter Gene. Dennoch ist eine maximale Sensitivität erforderlich. Daher verwenden wir Duplex-UMIs in Kombination mit einer hohen Sequenziertiefe. Dadurch können wir Varianten mit einer Allelfrequenz von bis zu 0,25 % nachweisen.
Das waren nur zwei Beispiele, und wir wissen, dass jedes Projekt und seine Anforderungen unterschiedlich sind. Deshalb bieten wir verschiedene Dienstleistungen für die Analyse von Liquid Biopsys an und beraten Sie gerne bei der Suche nach der optimalen Strategie für die Anforderungen Ihres Projekts. Wir möchten Ihr Partner sein, wenn es darum geht, Liquid-Biopsy-Assays in die klinische Praxis zu überführen.
Webinar: Liquid Biopsy – Challenges, Performance, Applications (EN)
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Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
