Panel-Diagnostik

Unsere Panel-Diagnostik hilft Ihnen, klinische Verdachtsdiagnosen zu sichern, den Krankheitsverlauf zu prognostizieren und früh therapeutische Maßnahmen zu ermöglichen. Nach Identifikation der ursächlichen Variante ist es zudem möglich zielgerichtete Untersuchung von weiteren Familienmitgliedern durchzuführen.

Für möglichst hohe Aufklärungsraten umfassen alle unsere Diagnostik-Panels eine CNV-Analyse und basieren auf unserem einzigartigen ExomeXtra®, das neben den kodierenden auch alle diagnostisch relvanten intronischen und intergenischen Varianten anreichert.

Die wichtigsten Merkmale unserer Panel-Diagnostik:

• Sequenzierung des ExomeXtra®
• Interpretation von Einzelnukleotidvarianten (SNVs), kleinen Insertionen und Deletionen (Indels) sowie Kopienzahlveränderungen (CNVs)
• Beinhaltet bekannte pathogene intronische Varianten und krankheitsassoziierte mtDNA Hotspots
• Vollständige Analyse der mtDNA möglich
• Chance auf Identifikation von Mosaizismen
• Hohe durchschnittliche Sequenzierungstiefe von > 100x (Illumina Plattform)
• Jeder medizinische Befund wird von einem interdisziplinären Team aus Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern sowie Ärztinnen und Ärzten verfasst und diskutiert
• Bearbeitungszeit: 4 – 6 Wochen
  (Aufgrund der hohen Nachfrage und einer Vielzahl an eiligen und pränatalen Fällen, ist unsere Bearbeitungszeit aktuell etwas erhöht. Für eilige Proben beträgt unsere Bearbeitungszeit selbstverständlich weiterhin 2-3 Wochen.)

Ziel unserer Diagnostik ist es, die genetische Ursache der Krankheit der Patientin oder des Patienten zu identifizieren. Die Anzahl der dafür infrage kommenden Gene ist für viele Erkrankungen sehr groß. Um für diese Erkrankungen eine effiziente Diagnostik zu ermöglichen, werden unsere Diagnostik-Panels auf Basis von ExomeXtra® ausgewertet. Die Sequenzierung mit ExomeXtra® umfasst alle medizinisch relevanten Regionen im gesamten Genom und berücksichtigt Faktoren, die bei regulären genetischen Untersuchungen oft übersehen werden. Da CeGaTs ExomeXtra® neben allen proteinkodierenden Bereichen auch alle bekannten pathogenen intronischen und intergenischen Varianten abdeckt, liefert es eine unübertroffene Grundlage für die beste genetische Diagnostik.

Wir bieten für jedes unserer Diagnostik-Panels an das ganze Panel, zusätzlich zur detaillierten Auswertung des angeforderten Gensets, auf pathogene (ACMG Klasse 5) und wahrscheinlich pathogene (ACMG Klasse 4) differentialdiagnostich relevante Varianten des Großpanels auszuweiten.

Kopienzahlveränderungen (“copy number variants”, CNVs) können, ebenso wie einzelne Nukleotidvarianten (SNVs) und kleine Insertionen und Deletionen (Indels), für die Erkrankung der Patientin oder des Patienten ursächlich sein. Daher ist eine genetische Diagnostik ohne CNV-Analyse unvollständig und kann zu einem negativen Befund führen, obwohl eine genetische Ursache vorliegt.

Die CNV-Analyse ist ein integraler Bestandteil unserer Diagnostik-Panels und wird immer durchgeführt – sie muss nicht extra angefordert werden.

Für die technische Durchführung dieser Analyse haben wir für jedes unserer Diagnostik-Panels eine Referenzkarte der zu erwartenden Abdeckung erstellt. Diese Referenzkarte basiert auf unserer in-house-Datenbank mit einer fünfstelligen Anzahl an Proben. Die Ergebnisse der einzelnen Analyse werden mit den Erwartungen verglichen (siehe Abbildung 2). Unsere CNV-Analyse erreicht eine Sensitivität von > 81 % für einzelne Exon-Deletionen und > 96 % Deletionen von drei oder mehr Exons. Gefundene Deletionen werden über eine zusätzliche Methode (z. B. MLPA oder qPCR) validiert.

Im Rahmen unserer Diagnostik werden für alle Diagnostik-Panels immer einzelne Nukleotidvarianten (SNVs), kleinen Insertionen und Deletionen (Indels), Kopienzahlveränderungen (CNVs), bekannt pathogene intronische Varianten und phänotyp-assoziierten mtDNA-Hotspots untersucht.