Das Immunsystem ist ein komplexes, lebenswichtiges Netzwerk, das verschiedene Organe, Zelltypen und Moleküle umfasst. Zwei wichtige Bestandteile dieses komplexen Netzwerks sind die T- und B-Zellen mit ihren entsprechenden T-Zell-Rezeptoren (TCRs) und B-Zell-Rezeptoren (BCRs). BCRs erkennen und bindet Antigene, woraufhin die jeweiligen B-Zellen aktiviert werden. Durch diese Aktivierung wird die Antikörperproduktion ausgelöst. TCRs erkennen Antigene, die von anderen Zellen präsentiert werden, und spielen daher eine wichtige Rolle bei der Unterscheidung zwischen körpereigenen und körperfremden, also pathogenen, Antigenen. Durch die somatische Neuanordnung der B- und T-Zell-Rezeptorgene, die auch als V/D/J-Rekombination bezeichnet wird, entsteht eine große Anzahl einzigartiger Rezeptoren für den Nachweis verschiedenster Antigene. Durch diese V/D/J-Rekombination entsteht das TCR- und BCR-Repertoire eines Individuums.
Die Untersuchung der Diversität von Immunzellen in Bezug auf das TCR- und BCR-Repertoire ermöglicht Einblicke in die Funktionsweise unseres Immunsystems und seine Reaktion auf verschiedene Bedingungen. So erlauben Studien auf Einzelzellebene mittels RNA-Sequenzierung die Identifizierung verschiedener Klonotypen und die klonspezifischer Genexpression. Da ein funktionierendes Immunsystem für unsere Gesundheit essenziell ist, sind diese Erkenntnisse von großer Bedeutung. Ein besseres Verständnis für die Zusammensetzung des Immunsystems kann dazu beitragen, die Komplexität von Krankheiten besser zu verstehen und geeignete Therapien oder Impfstoffe zu entwickeln und zu testen.
Anwendungsbereiche von Single-Cell Immune Profiling:
- Reaktion auf verschiedene Bedingungen und therapeutische Maßnahmen
- Entwicklung von Impfstoffen und Therapien
- Spezifität verschiedener Klonotypen
- Untersuchung von Autoimmunkrankheiten
Mit unseren Single-Cell-Immune-Profiling (SIP)-Produkten helfen wir Ihnen, die Vielfalt der Immunzellen in Ihren Proben zu erforschen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Single-Cell Immune Profiling
Wir bieten Single-Cell-Immune-Profiling (SIP) unter Verwendung des 10x Genomics® Chromium™-Systems und der neuesten NGS-Technologie an. Die immunspezifischen Regionen der α- und β-Ketten (TCR) und Ig-Ketten (BCR) werden als gepaarte Sequenzen bereitgestellt. Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der vorherigen Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Wir analysieren Ihre Single-Cell-Immune-Profiling-Daten mit der Cell Ranger Software von 10x Genomics®. Dieser Workflow umfasst das Read Alignment, die Filterung, die Genexpressionsanalyse und die Identifizierung von V/D/J-Klonotypen.
Level 1:
- Demultiplexing der Sequenzierdaten, inklusive Index-Reads (FASTQ-Datei)
Level 2:
- Mapping der Sequenzierdaten
- Analyse der Genexpression
- V/D/J-Analyse
Level 3:
- Bei mehr als einer sequenzierten Probe werden Ihre Single-Cell-Immune-Profiling-Daten zu einer experiment-weiten Matrix kombiniert und nach der Normalisierung erneut analysiert.
Technische Informationen
Wir können zwischen 500 und 10.000 Zellen pro Probe verarbeiten. Dabei können bis zu 8 Proben parallel auf einem Chromium Next GEM Chip prozessiert werden. Die immunspezifischen Regionen der α- und β-Ketten (TCR) und Ig-Ketten (BCR) werden als gepaarte Sequenzen bereitgestellt. Für die Genexpression wird empfohlen mindestens 20.000 Paired-End-Reads pro Zelle zu sequenzieren. Für die TCR- und BCR-Librarys werden mindestens 5.000 Paired-End-Reads pro Zelle empfohlen. Die erforderliche Sequenziertiefe hängt stark von der Probenart und von der experimentellen Fragestellung ab.
Bei CeGaT wird die Sequenzierung mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Sollten Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns bitte wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Downloads
Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
