Das Immunsystem ist ein komplexes, lebenswichtiges Netzwerk, das verschiedene Organe, Zelltypen und Moleküle umfasst. Zwei wichtige Bestandteile dieses komplexen Netzwerks sind die T- und B-Zellen mit ihren entsprechenden T-Zell-Rezeptoren (TCRs) und B-Zell-Rezeptoren (BCRs). BCRs erkennen und bindet Antigene, woraufhin die jeweiligen B-Zellen aktiviert werden. Durch diese Aktivierung wird die Antikörperproduktion ausgelöst. TCRs erkennen Antigene, die von anderen Zellen präsentiert werden, und spielen daher eine wichtige Rolle bei der Unterscheidung zwischen körpereigenen und körperfremden, also pathogenen, Antigenen. Durch die somatische Neuanordnung der B- und T-Zell-Rezeptorgene, die auch als V/D/J-Rekombination bezeichnet wird, entsteht eine große Anzahl einzigartiger Rezeptoren für den Nachweis verschiedenster Antigene. Durch diese V/D/J-Rekombination entsteht das TCR- und BCR-Repertoire eines Individuums.
Die Untersuchung der Diversität von Immunzellen in Bezug auf das TCR- und BCR-Repertoire ermöglicht Einblicke in die Funktionsweise unseres Immunsystems und seine Reaktion auf verschiedene Bedingungen. So erlauben Studien auf Einzelzellebene mittels RNA-Sequenzierung die Identifizierung verschiedener Klonotypen und die klonspezifischer Genexpression. Da ein funktionierendes Immunsystem für unsere Gesundheit essenziell ist, sind diese Erkenntnisse von großer Bedeutung. Ein besseres Verständnis für die Zusammensetzung des Immunsystems kann dazu beitragen, die Komplexität von Krankheiten besser zu verstehen und geeignete Therapien oder Impfstoffe zu entwickeln und zu testen.
Anwendungsbereiche von Single-Cell Immune Profiling:
- Reaktion auf verschiedene Bedingungen und therapeutische Maßnahmen
- Entwicklung von Impfstoffen und Therapien
- Spezifität verschiedener Klonotypen
- Untersuchung von Autoimmunkrankheiten
Mit unseren Single-Cell-Immune-Profiling (SIP)-Produkten helfen wir Ihnen, die Vielfalt der Immunzellen in Ihren Proben zu erforschen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Single-Cell Immune Profiling
Wir bieten Single-Cell-Immune-Profiling (SIP) unter Verwendung des 10x Genomics® Chromium™-Systems und der neuesten NGS-Technologie an. Die immunspezifischen Regionen der α- und β-Ketten (TCR) und Ig-Ketten (BCR) werden als gepaarte Sequenzen bereitgestellt. Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
SIP B-Cell | SIP T-Cell | SIP Combined |
Spezies | Spezies | Spezies |
Probenart | Probenart | Probenart |
Probenanforderung | Probenanforderung | Probenanforderung |
Ziel | Ziel | Ziel |
Plattform | Plattform | Plattform |
Output | Output | Output |
Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen |
Wenn Sie generell an Einzelzell-Sequenzierungen interessiert sind, könnte unser Single-Cell-RNA-Sequencing-Portfolio für Sie interessant sein.
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der vorherigen Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Wir analysieren Ihre Single-Cell-Immune-Profiling-Daten mit der Cell Ranger-Software von 10x Genomics®. Dieser Workflow umfasst das Read-Alignment, die Filterung, die Genexpressionsanalyse und die Identifizierung von V/D/J-Klonotypen.
Level 1:
- Demultiplexing der Sequenzierdaten, inklusive Index-Reads (FASTQ-Datei)
Level 2:
- Mapping der Sequenzierdaten
- Analyse der Genexpression
- V/D/J-Analyse
Level 3:
- Bei mehr als einer sequenzierten Probe werden Ihre Single-Cell-Immune-Profiling-Daten zu einer experiment-weiten Matrix kombiniert und nach der Normalisierung erneut analysiert.
Technische Informationen
Wir können zwischen 500 und 10.000 Zellen pro Probe verarbeiten. Dabei können bis zu 8 Proben parallel auf einem Chromium Next GEM Chip prozessiert werden. Die immunspezifischen Regionen der α- und β-Ketten (TCR) und Ig-Ketten (BCR) werden als gepaarte Sequenzen bereitgestellt. Für die Genexpression wird empfohlen mindestens 20.000 Paired-End-Reads pro Zelle zu sequenzieren. Für die TCR- und BCR-Librarys werden mindestens 5.000 Paired-End-Reads pro Zelle empfohlen. Die erforderliche Sequenziertiefe hängt stark von der Probenart und von der experimentellen Fragestellung ab.
Bei CeGaT wird die Sequenzierung mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Sollten Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns bitte wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Weitere Informationen zu Single-Cell Immune Profiling
Unser Immunsystem verteidigt den Körper gegen eine Vielzahl von Pathogenen, um uns vor Krankheiten zu schützen. Diese Pathogene können Viren, Bakterien, Parasiten, Pilze, Toxine, oder Krebszellen sein. In einem großen Netzwerk arbeiten Organe, Zellen, Proteine und chemische Substanzen zusammen, um uns vor Infektionen zu schützen. Dabei besteht unser menschliches Immunsystem aus zwei Teilen: dem angeborenen und dem adaptiven Immunsystem. Die Antwort des angeborenen Immunsystems ist eine nicht-spezifische, sofortige Reaktion, die kein immunologisches Gedächtnis bildet. Im Gegensatz dazu braucht die Antwort des adaptiven Immunsystems Zeit. Das führt zu einer Verzögerungszeit zwischen dem Kontakt mit dem Pathogen und der adaptiven Immunantwort. Das adaptive Immunsystem bildet ein immunologisches Gedächtnis und bewirkt eine schnellere und effizientere Immunantwort gegen bereits bekannte Pathogene.
Weiße Blutkörperchen spielen eine essenzielle Rolle im adaptiven Immunsystem. Sie zirkulieren im Blutkreislauf oder befinden sich im Gewebe, um dort Krankheitserreger anzugreifen und zu zerstören. Eine Unterkategorie der weißen Blutkörperchen sind die Lymphozyten, genauer gesagt die T- und B-Zellen mit ihren jeweiligen Rezeptoren auf den Oberflächen, den T-Zell-Rezeptoren (“T-cell receptors”, TCR) und B-Zell-Rezeptoren (“B-cell receptors”, BCR).
Der TCR ist ein membrangebundener Proteinkomplex. Er bindet Antigene, die von MHC-Molekülen präsentiert werden und aktiviert die T-Zelle. Der TCR besteht aus einer alpha- und einer beta-Peptid-Kette. Eine Disulfidbrücke verbindet diese beiden Ketten. Die Untereinheiten bestehen aus variablen (V) und konstanten (C) Regionen. Der TCR besteht zusätzlich aus dem Transmembranprotein CD3 und zwei zeta-Polypeptiden. Ein kleiner Teil der T-Zellen hat statt der alpha- und beta-Ketten gamma- und delta-Ketten.
Die variablen Regionen der alpha- und beta-Ketten haben jeweils drei hypervariable oder komplementär-determinierende Regionen (“complementary-determining regions”, CDRs). Die CDR3 ist die zentrale Region, in der Antigene erkannt werden. Um so viele Antigene wie möglich zu erkennen, ist das TCR-Repertoire sehr divers. Diese Diversität kommt durch die Rekombination zu Stande, genauer gesagt durch die V(D)J-Rekombination, in welcher variable (V), verbindende (“joining”, J), und Diversitäts- (D) Gensegmente zufällig neu angeordnet werden.
Allerdings spielt die V(D)J-Rekombination nicht nur eine elementare Rolle bei der Entwicklung des TCR-Repertoires; sie ist auch verantwortlich für die hohe Diversität des Antikörper-Repertoires. Die Antikörper-Moleküle, einschließlich des B-Zell-Rezeptors, bestehen aus einer schweren und einer leichten Kette. Ähnlich wie bei den TCRs bestehen die Untereinheiten dieser Ketten aus variablen (V) und konstanten (C) Regionen. Zusätzlich enthalten sie verbindende (J) Gensegmente. Die schweren Ketten beinhalten zusätzlich noch Diversitäts- (D) Gensegmente. Durch diese Rekombination entstehen mehr als 1011 unterschiedliche Antikörper-Moleküle.
Mithilfe der Einzelzell-Immunprofilierung (“single-cell immune profiling”) können die Sequenzen der B-Zell-Rezeptoren und T-Zell-Rezeptoren bestimmt und auf Einzelzell-Ebene analysiert werden. Hunderte bis zehntausende Zellen können hierbei in einem einzigen Lauf gleichzeitig untersucht werden. Zusätzlich zur Analyse des gesamten Immun-Repertoires kann die Genexpression der T- und B-Zellen analysiert werden, um Einblicke in das adaptive Immunsystem auf Einzelzell-Ebene zu gewähren. Die Einzelzell-Immunprofilierung kann Ihnen helfen, die Diversität der Immunzellen in Ihrer Probe zu erforschen und das Verständnis des adaptiven Immunsystems zu verbessern.
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Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
