Das ribosomale 16S RNA-Gen (rRNA) ist etwa 1,5 kb lang und enthält mehrere konservierte und hypervariable Regionen (V1-V9), die sich zwischen verschiedenen Bakterien unterscheiden. Diese hypervariablen Sequenzen können zur Identifizierung und Charakterisierung der mikrobiellen Vielfalt verwendet werden. Daher ist das 16S rRNA-Gen ein gängiger Marker zur Charakterisierung mikrobieller Gemeinschaften in verschiedensten Proben.
Mit der PacBio Single-Molecule-Real-Time (SMRT)-Technologie sequenzieren wir das 16S rRNA-Gen in voller Länge und decken dabei alle variablen Regionen mit einer durchschnittlichen HiFi-Readlänge von etwa 1,5 kb ab. Die außergewöhnliche Genauigkeit und Länge der PacBio HiFi-Reads, die im so genannten Circular-Consensus-Sequencing (CCS)-Modus generiert werden, ermöglichen eine taxonomische Bestimmung mit hoher Auflösung.
Die Anwendungen von Full-Length 16S Sequencing sind vielfältig und umfassen:
- Die Charakterisierung von diversen mikrobiellen Gemeinschaften
- Den Nachweis von mikrobiellen Biomarkern
- Die Überwachung von Erkrankungen
- Die Entwicklung von Arzneimitteln
Unser Full-Length-16S-Sequencing-Produkt liefert interessante Erkenntnisse zu verschiedenen Forschungsfragen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produkt für Full-Length 16S Sequencing
Wir bieten Full-Length 16S Sequencing für eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der vorherigen Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Level 1:
- Demultiplexing der Sequenzierdaten (HiFi-Reads, FASTQ-Datei)
Level 2:
- Taxonomische Klassifizierung bis auf die Artenebene (wenn möglich)
- Mapping der Sequenziersdaten gegen die Mikrobiom-Datenbank (FASTA-, RMA-Datei)
- Erstellung von taxonomischen Tabellen mit Sequenzzahlen und relativen Häufigkeiten (XLSX-, TSV- und BIOM-Datei)
- Erstellung von Balkendiagrammen mit relativen Häufigkeiten (PNG-Datei)
Technische Information
Bei CeGaT wird die Sequenzierung mit der PacBio Sequel IIe Plattform durchgeführt. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Wir freuen uns, Ihnen unser speziell entwickeltes Stuhlproben-Kit anbieten zu können. Dieses ermöglicht eine bequeme Entnahme von fäkalem Material. In Kombination mit unserem DNA-Isolationsservice kommt es dadurch nicht zu verfälschten Ergebnissen. Bitte setzen Sie sich mit uns in Verbindung, um die Probenahme und DNA-Extraktion aus verschiedenen Ausgangsmaterialien zu besprechen.
Downloads
Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
