Ein Gen-Panel spiegelt eine definierte Auswahl an Genen wider. Die ausgewählten Regionen werden angereichert und sequenziert. Daher ist es mit dieser Methode möglich, eine Vielzahl an Proben parallel mit hoher Sequenziertiefe mittels Next Generation Sequencing zu sequenzieren. Panel Sequenzierungen (Panel Sequencing) resultieren in einer gut zu handhabenden Datenmenge mit einem geringen Anteil an unterrepräsentierten Regionen.
Das Konzept der Panel-Sequenzierung setzen wir bereits seit 2009 in der genetischen Diagnostik ein. Basierend auf unserer langjährigen Expertise können wir Ihnen unsere bestehenden Predesigned CeGaT Panels für Ihr Forschungsprojekt anbieten oder Sie bei der Erstellung eines individuellen Panels, dem so genannten Custom Panel Design, mit anschließender Panel-Validierung unterstützen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Panel Sequencing
Wir bieten verschiedene Produkte für Panel Sequencing (PAS) an, um eine Vielzahl von Forschungsfragen abzudecken. Wünschen Sie zusätzlich zu den enthaltenen Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der vorherigen Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Level 1:
- Demultiplexing und Adapter-Trimming der Sequenzierdaten (FASTQ-Datei)
Level 2:
- Mapping der Sequenzierdaten (BAM-Datei)
Level 3:
- Bestimmung von Einzelnukleotid-Varianten (Single nucleotide variants, kurz SNVs) und kleinen Insertionen und Deletionen (kurz Indels) (VCF-Datei)
Level 4:
- Annotation von SNVs und Indels (TSV-Datei)
- Bestimmung von großen homozygoten Deletionen (TSV-Datei)
Level 5 (eine der folgenden Möglichkeiten):
- Variantenvergleiche mehrerer Proben (TSV- und PDF-Datei)
- Analyse somatischer Krebsmutationen (Tumor- und Normalgewebsproben erforderlich) basierend auf Exom Sequenzierdaten (TSV- und PDF-Datei)
- HLA Typing basierend auf Exom Sequenzierdaten (TSV- und PDF-Datei)
Auf Wunsch können wir die betroffenen Gene zwischen mehreren Proben vergleichen und weitere statistische Auswertungen durchführen.
Sofern Sie mit uns ein Individuelles Panel entwerfen, wird das Datenformat sowie die Datenanalyse nach Ihren Bedürfnissen definiert.
Technische Information
Wenn Sie sich für eines unserer Predesigned CeGaT Panels entscheiden, können Sie sich auf unsere Expertise in der Sequenzierung verlassen. Das Design der CeGaT Panels basiert auf der wissenschaftlichen Beurteilung der jeweiligen Krankheit und wird in regelmäßigen Abständen entsprechend der neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse aktualisiert.
Darüber hinaus unterstützen wir Sie bei der Definition der Zielgene und der Validierung Ihres individuellen Panels gemäß den für die Diagnostik zugelassenen Qualitätsstandards CAP und ISO:15189.
Für unsre Predesigned CeGaT Panels empfehlen wir Ihnen die Paired-End-Sequenzierung (2 x 100 bp) mit den Sequenzierplattformen von Illumina. Sollten Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Weitere Informationen zu Panel Sequencing
Die Panel-Sequenzierung ist eine kostengünstige Methode zur Untersuchung von Erbkrankheiten oder anderen Erkrankungen wie z.B. Krebs. Mit den vordefinierten Panels werden bestimmte genetische Regionen gezielt angereichert, die mit einem bestimmten Phänotyp oder einer spezifischen Krankheit assoziiert werden. Daher sind bei CeGaT verschiedene Panels verfügbar.
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Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
