Ein Gen-Panel umfasst eine definierte Auswahl an Genen, die angereichert und sequenziert werden. Es ist mit dieser Methode möglich, eine Vielzahl von Proben parallel mit hoher Sequenziertiefe mittels Next Generation Sequencing zu sequenzieren. Panel-Sequenzierungen (“panel sequencing”) resultieren in einer gut zu handhabenden Datenmenge mit einem geringen Anteil an unterrepräsentierten Regionen.
CeGaT setzt das Konzept der Panel-Sequenzierung bereits seit 2009 in der genetischen Diagnostik ein. Basierend auf unserer langjährigen Expertise, können wir Ihnen vordefinierte Panels anbieten. Profitieren Sie entweder von PacBios Long-Read-Sequenziertechnologie mit HiFi-Reads oder nutzen Sie die bewährte Short-Read-Sequenziertechnologie von Illumina. Untersuchen Sie mit unseren Long-Read-Panels Gene, die relevant für den Medikamentenstoffwechsel und das therapeutische Ansprechen sind, oder Gene, die mittels Short-Read Sequencing schwierig zu sequenzieren sind. Für Short-Read-Panels unterstützen wir Sie gerne bei der Erstellung und Validierung eines Custom-Panel-Designs. Sollten Sie an Short-Read-Panels zur Charakterisierung von Tumoren interessiert sein, finden sie weitere Tumor-assoziierte Panels in unserem Focused-Tumor-Profiling-Produktportfolio.
Unser Service deckt den gesamten Ablauf des Projekts ab: von der Beratung durch erfahrene Experten über eine umfangreiche bioinformatische Auswertung bis hin zu einem übersichtlichen und strukturierten Projektbericht. Der Projektbericht liefert Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Produktportfolio für Panel Sequencing
Wir bieten verschiedene Produkte für Panel Sequencing (PAS) an, um eine Vielzahl von Forschungsfragen abzudecken. Wünschen Sie zusätzlich zu den enthaltenen Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
HiFi PAS PGX | HiFi PAS Dark | PAS Flex |
Spezies Mensch | Spezies Mensch | Spezies Verschiedene |
Sequenzierpanel Twist Alliance Long-Read PGX Panel | Sequenzierpanel Twist Alliance | Sequenzierpanel Custom Panel |
Sequenzierplattform PacBio | Sequenzierplattform PacBio | Sequenzierplattform Illumina |
Output Flexibel | Output Flexibel | Output Flexibel |
Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen |
Sollten Sie an Panels zur Charakterisierung von Tumoren interessiert sein, können Sie einen Blick in unser Focused-Tumor-Profiling-Produktportfolio werfen.
Bioinformatik
Für Sequenzierprojekte, die auf unserem PacBio-Sequenziersystem realisiert werden, erhalten Sie HiFi-Reads als FASTQ-Dateien. Bei Bedarf können zusätzlich geklippte Sequenzierdaten im BAM-Format geliefert werden. Für Short-Read-Sequenzierprojekte erhalten Sie nach dem Demultiplexing FASTQ-Dateien. Sollten Sie an weiteren bioinformatischen Analysen interessiert sein, kontaktieren Sie uns gerne. Sofern Sie mit uns ein Custom Panel entwerfen, werden das Datenformat und die Datenanalyse an Ihre individuellen Bedürfnisse angepasst.
Technische Information
Die PacBio-Plattform ermöglicht uns die Sequenzierung angereicherter DNA-Fragmente mit einer Länge von 5-6 kb und die Generierung von HiFi-Reads. Wir bieten Ihnen zwei von Twist entwickelte Panels an:
- Das Panel HiFi PAS PGX zur Untersuchung von pharmakogenomisch relevanten Genen umfasst Regionen in 49 Genen.
- Das Panel HiFi PAS Dark umfasst Regionen in 389 Genen, die mittels Short-Read-Sequenzierung schwierig zu sequenzieren sind.
Für die Short-Read-Sequenzierung auf unseren Illumina-Plattformen unterstützen wir Sie bei der Definition der Zielgene und der Validierung Ihres Custom-Panels gemäß den für die Diagnostik zugelassenen Qualitätsstandards CAP und ISO:15189. Wir empfehlen Ihnen die Paired-End-Sequenzierung (2 x 100 bp). Sollten Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Genverzeichnis für HiFi PAS PGX & HiFi PAS Dark
Weitere Informationen zu Panel Sequencing
Die Panel-Sequenzierung ist eine kostengünstige und effiziente Methode zur Untersuchung von Erbkrankheiten oder anderen Erkrankungen wie z. B. Krebs. Mit den vordefinierten Panels werden bestimmte genetische Regionen gezielt angereichert, die mit einem bestimmten Phänotyp oder einer spezifischen Krankheit assoziiert werden. Daher sind verschiedene Panels bei CeGaT verfügbar.
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Downloads
Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
