Der menschliche Körper besteht aus mehr als 30 Billionen Zellen. Innerhalb eines Organs oder Gewebes kommen verschiedene Zelltypen und Zellpopulationen vor. Diese Zellen sind hinsichtlich der exprimierten Gene, also ihres Transkriptoms, sehr heterogen. Diese Heterogenität ist ein wichtiges Merkmal der normalen physiologischen Prozesse und gewährleistet die korrekte Funktionsweise von Geweben oder Organen. Während einem Krankheitsverlauf kann sich allerdings die Zusammensetzung der verschiedenen Zellpopulationen sowie deren Transkriptom verändern und damit sogar zur Erkrankung beitragen.
In Proben mit verschiedenen Zellpopulationen können herkömmliche RNA-Massensequenzierverfahren, auch bekannt als bulk RNA-Sequencing, die Heterogenität der Zellen nicht erfassen. Die Einzelzell-RNA-Sequenziertechnologie ermöglicht es jedoch die Transkriptome von Tausenden von Zellen in einer einzelnen Probe zu analysieren. Veränderungen der Transkription in verschiedenen Zellen können so detektiert werden. Mithilfe der Ergebnisse können neue Biomarker identifiziert oder tiefere Einblicke in die Biologie von Geweben und Krankheiten gewonnen werden.
Anwendungsbereiche von Einzelzell-RNA-Sequenzierungen umfassen:
- Nachweis der Tumorheterogenität
- Zelldifferenzierung und Abstammungsnachweis
- Ansprechen auf therapeutische Behandlungen
- Entdeckung von Biomarkern
Unser 3‘ Single-Cell-RNA-Sequencing-Produkt (3‘ SCR) hilft Ihnen dabei, die zelluläre Vielfalt Ihrer Proben zu erforschen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produkt für Single-Cell RNA Sequencing
Wir bieten 3‘ Single-Cell RNA Sequencing (3‘ SCR) unter Verwendung des 10x Genomics® Chromium™ Systems und der neuesten Next-Generation-Sequencing (NGS)-Technologie an. Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der vorherigen Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Wir analysieren Ihre Single-Cell-RNA-Sequencing-Daten mit der Cell Ranger Software von 10x Genomics®. Dieser Workflow umfasst das Read-Alignment, die Erstellung von Feature-Barcode-Matrizen, das Zell-Clustering und die Genexpressionsanalyse.
Level 1:
- Demultiplexing der Sequenzierdaten, inklusive Index-Reads (FASTQ-Datei)
Level 2:
- Mapping der Sequenzierdaten (BAM-Datei)
- Standard-Loupe-Browser-Visualisierungs-Datei (CLOUPE-Datei)
- Mapped Count Tables für nachfolgende Analysen (TSV-Datei)
- Vorläufige Clustering-Analyse (CSV-Datei)
- Vorläufige differentielle Genexpressionsanalyse (CSV-Datei)
Level 3:
- Bei mehr als einer sequenzierten Probe werden Ihre Single-Cell-RNA-Sequenzierdaten zu einer experiment-weiten Matrix kombiniert und nach der Normalisierung erneut analysiert.
Technische Information
Wir können zwischen 500 und 10.000 Zellen pro Probe verarbeiten. Dabei können bis zu 8 Proben parallel auf einem Chromium Next GEM Chip prozessiert werden. Empfohlen werden mindestens 20.000 Paired-End-Reads pro Zelle. Die erforderliche Sequenziertiefe hängt stark von der Probenart und von der experimentellen Fragestellung ab.
Bei CeGaT wird die Sequenzierung mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Weitere Informationen zu Single-Cell RNA Sequencing
Um ein System zu verstehen, muss man seine Komponenten kennen. Betrachtet man komplexe biologische Systeme wie das Immunsystem oder einen wachsenden Tumor, so ist das Verständnis über die Funktion und das Verhalten verschiedener Zellen in diesen Systemen eine große Herausforderung. Mit Single-Cell RNA Sequencing steht eine wirksame und leistungsfähige Methode zur Verfügung, um diese Herausforderung zu meistern. Im Gegensatz zur herkömmlichen Massen-RNA-Sequenzierung, bei der die Werte der Genexpression aus allen Zellen gemittelt werden, kann man mit Single-Cell RNA Sequencing die Genexpression tausender einzelner Zellen untersucht werden. Diese Technik eignet sich daher perfekt für alle Anwendungen, bei denen Erkenntnisse über die zelluläre Vielfalt von entscheidender Bedeutung ist, z. B. bei der Untersuchung der Heterogenität von Tumoren, der zellulären Differenzierung oder der Therapieresistenz.
Bei CeGaT bieten wir Single-Cell RNA Sequencing im Hochdurchsatz an. Dabei verwenden wir das hochmoderne Chromium-System von 10x Genomics in Kombination mit der neuesten NGS-Technologie. Die Probenverarbeitung umfasst drei Hauptschritte: Cell-Barcoding und die Konstruktion der Sequenzier-Library, die Sequenzierung und die Datenanalyse. Beim Cell-Barcoding werden bis zu 10.000 einzelne Zellen zusammen mit Gel-Beads in winzige Mikrotröpfchen verkapselt. Diese Gel-Beads enthalten Oligonukleotide mit zellspezifischen Barcodes und so genannte Unique Molecular Identifiers. Indem alle mRNA-Moleküle einer einzelnen Zelle mit diesen beiden Barcode-Sequenzen markiert
werden, wird ihre zelluläre Herkunft erfasst, und jedes mRNA-Molekül kann eindeutig quantifiziert werden. Nach der cDNA-Synthese und mehreren Library-Vorbereitungsschritten sind die Proben bereit für die Sequenzierung auf einem unserer Illumina-Sequencer. Abhängig vom Input und der erforderlichen Read-Tiefe (Read-Depth) pro Zelle können wir die Sequenzierleistung an Ihre Bedürfnisse anpassen. Die generierten Sequenzierdaten werden von unserer bioinformatischen Datenanalyse-Pipeline verarbeitet und die Transkripte werden quantifiziert und den verschiedenen Zellen zugeordnet. Zellcluster mit ähnlichen Genexpressionsmustern werden identifiziert und zwischen den Zellclustern wird eine differenzielle Genexpressionsanalyse durchgeführt. Auf diese Weise können Sie verschiedene Zellpopulationen oder Zellphänotypen in Ihrer Probe ermitteln und deren Funktion und Verhalten untersuchen, um die Komplexität Ihrer Probe vollständig zu verstehen.
Single-Cell RNA Sequencing, auch bekannt als scRNAseq, ist ein zuverlässiges Verfahren zum Nachweis seltener Zellpopulationen in komplexen Proben. Es eignet sich gut verschiedene Zelltypen über mehrere Zeitpunkte hinweg zu quantifizieren. Durch die Genexpressionsanalysen oder der Detektion von Veränderungen der zellulären Vielfalt bietet Single-Cell RNA Sequencing ein großes Potenzial für die Entdeckung neuer Biomarker und die Analyse therapeutischer Mechanismen.
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Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
