Der menschliche Körper besteht aus mehr als 30 Billionen Zellen. Innerhalb eines Organs oder Gewebes kommen verschiedene Zelltypen und Zellpopulationen vor. Diese Zellen sind hinsichtlich der exprimierten Gene, also ihres Transkriptoms, sehr heterogen. Diese Heterogenität ist ein wichtiges Merkmal der normalen physiologischen Prozesse und gewährleistet die korrekte Funktionsweise von Geweben oder Organen. Während einem Krankheitsverlauf kann sich allerdings die Zusammensetzung der verschiedenen Zellpopulationen sowie deren Transkriptom verändern und damit sogar zur Erkrankung beitragen.
In Proben mit verschiedenen Zellpopulationen können herkömmliche RNA-Massensequenzierverfahren, auch bekannt als Bulk RNA Sequencing, die Heterogenität der Zellen nicht erfassen. Die Einzelzell-RNA-Sequenziertechnologie ermöglicht es jedoch die Transkriptome von Tausenden von Zellen in einer einzelnen Probe zu analysieren. Veränderungen der Transkription in verschiedenen Zellen können so detektiert werden. Mithilfe der Ergebnisse können neue Biomarker identifiziert oder tiefere Einblicke in die Biologie von Geweben und Krankheiten gewonnen werden.
Anwendungsbereiche von Einzelzell-RNA-Sequenzierungen umfassen:
- Nachweis der Tumorheterogenität
- Zelldifferenzierung und Abstammungsnachweis
- Ansprechen auf therapeutische Behandlungen
- Entdeckung von Biomarkern
Unsere Single-Cell-RNA-Sequencing-Produkte helfen Ihnen dabei, die zelluläre Vielfalt Ihrer Proben zu erforschen.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Single-Cell RNA Sequencing
Wir bieten 3‘ Single-Cell RNA Sequencing (3‘ SCR) für gefrorene Einzelzellsuspensionen an. Für fixierte Zellen und FFPE-Schnitte ist unser Single-Cell RNA Sequencing Flex (SCR Flex) verfügbar. Für alle Produkte verwenden wir das 10x Genomics® Chromium™ X System und die neuste Next-Generation-Sequencing (NGS)-Technologie. Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
3‘ SCR | SCR Flex |
Spezies Mensch, Maus, Ratte Andere Arten sind auf Anfrage möglich | Spezies |
Probenart | Probenart |
Ziel 3’-Ende der mRNA-Transkripte | Ziel Protein-kodierende Gene |
Plattform | Plattform |
Output | Output |
Beinhaltete Leistungen Projektbericht & Dateien im FASTQ-, BAM-, CLOUPE-, HTML-, TSV- & CSV-Format | Beinhaltete Leistungen |
Wenn Sie besonders an der Einzelzell-Sequenzierung von Immunzellen interessiert sind, empfehlen wir Ihnen einen Blick in unser Single-Cell-Immune-Profiling-Portfolio zu werfen.
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir analysieren Ihre Single-Cell-RNA-Sequencing-Daten mit der Cell Ranger-Software von 10x Genomics®. Dieser Workflow umfasst das Demultiplexing der Sequenzierdaten (inklusive Index-Reads, FASTQ-Datei), das Mapping der Sequenzierdaten (BAM-Datei), die Erstellung der Standard-Loupe-Browser-Visualisierungs-Datei (CLOUPE-Datei), die Erstellung der Mapped Count Tables für die nachfolgenden Analysen (TSV-Datei), sowie die vorläufige Clustering-Analyse (CSV-Datei) und die vorläufige differentielle Genexpressionsanalyse (CSV-Datei). Ein interaktive Webzusammenfassung enthält zusammenfassende Metriken und Ergebnisse der Sekundäranalysen (HTML-Datei). Bei mehr als einer sequenzierten Probe werden Ihre Single-Cell-RNA-Sequenzierdaten zu einer experimentweiten Matrix kombiniert und nach der Normalisierung erneut analysiert. Zusätzlich zu den Daten wird ein Projektbericht verfasst (PDF-Datei).
Technische Information
Das 3‘ Single-Cell-RNA-Sequencing-Protokoll ermöglicht die Bearbeitung von 500 bis 20.000 Zellen pro Probe. Dabei können bis zu acht Proben parallel auf einem Chromium GEM-X Chip prozessiert werden. Empfohlen werden mindestens 20.000 Paired-End-Reads pro Zelle.
Mit dem Single-Cell-RNA-Sequencing-Flex-Protokoll können 500 bis 20.000 Zellen pro Probe bearbeitet werden. Dabei können vier oder 16 Proben parallel auf einem Chromium GEM-X Chip prozessiert werden. Empfohlen werden mindestens 10.000 Paired-End-Reads pro Zelle. Einige wenige Gene sind von dieser Analyse ausgeschlossen. Bitte kontaktieren Sie uns für weitere Informationen.
Die erforderliche Sequenziertiefe hängt bei beiden Produkten stark von der Probenart und der experimentellen Fragestellung ab.
Bei CeGaT wird die Sequenzierung mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Wenn Sie eine andere Sequenziertiefe benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Weitere Informationen zu Single-Cell RNA Sequencing
Um ein System zu verstehen, muss man seine einzelnen Komponenten verstehen. Betrachtet man komplexe biologische Systeme, wie zum Beispiel das Immunsystem oder einen wachsenden Tumor, ist es herausfordernd, die Funktionen und das Verhalten verschiedener Zellen in diesen Systemen zu verstehen. Mit Single-Cell RNA Sequencing steht eine wirksame und leistungsfähige Methode zur Verfügung, die es erlaubt, diese Herausforderung anzunehmen. Im Gegensatz zur herkömmlichen Massen-RNA-Sequenzierung, bei der die Werte der Genexpression aus allen Zellen gemittelt werden, kann man mit Single-Cell RNA Sequencing die Genexpression tausender einzelner Zellen individuell untersuchen. Diese Technik eignet sich daher hervorragend für alle Anwendungen, bei denen Erkenntnisse über die zelluläre Vielfalt von entscheidender Bedeutung sind, z. B. bei Untersuchungen der Tumor-Heterogenität, der zellulären Differenzierung oder der Therapieresistenz.
CeGaT bietet Single-Cell RNA Sequencing als Hochdurchsatz-Methode an. Dabei verwenden wir das hochmoderne Chromium™ X System von 10x Genomics® in Kombination mit der neuesten NGS-Technologie. Die Probenverarbeitung umfasst drei Hauptschritte: (1) das Cell-Barcoding und die Konstruktion der Sequenzier-Library, (2) die Sequenzierung und (3) die Datenanalyse. Beim Cell-Barcoding werden bis zu 20.000 einzelne Zellen zusammen mit so-genannten Gel-Beads in winzigen Mikrotröpfchen verkapselt. Diese Gel-Beads enthalten Oligonukleotide mit zellspezifischen Barcodes und so genannte Unique Molecular Identifiers. Indem alle mRNA-Moleküle einer Zelle mit diesen beiden Barcode-Sequenzen markiert werden, wird ihre zelluläre Herkunft erfasst.
Die anschließenden Konstruktionen der Librarys unterscheiden sich zwischen den beiden Produkten: Während beim 3‘ SCR-Assay, poly-(dT)-Primer für die reverse Transkription verwendet werden, ist der SCR Flex-Assay Sonden-basiert. Nach weiteren Schritten der Library-Vorbereitung sind die Proben bereit für die Sequenzierung auf einem unserer Illumina-Sequencer. Abhängig vom Input und der erforderlichen Read-Tiefe (“read depth”) pro Zelle können wir das Sequenzierergebnis an Ihre Bedürfnisse anpassen. Die generierten Sequenzierdaten werden von unserer bioinformatischen Datenanalyse-Pipeline verarbeitet. Dabei werden die Transkripte quantifiziert und den verschiedenen Zellen zugeordnet. Zellcluster mit ähnlichen Genexpressionsmustern werden identifiziert und zwischen den Zellclustern wird eine differenzielle Genexpressionsanalyse durchgeführt. Auf diese Weise können verschiedene Zellpopulationen oder Zellphänotypen in Ihrer Probe ermittelt und deren Funktion und Verhalten untersucht werden, um die Komplexität Ihrer Probe zu entschlüsseln.
Single-Cell RNA Sequencing, auch bekannt als scRNAseq, ist ein zuverlässiges Verfahren für den Nachweis seltener Zellpopulationen in komplexen Proben. Es eignet sich gut, um verschiedene Zelltypen über mehrere Zeitpunkte hinweg zu quantifizieren. Durch die Genexpressionsanalysen und die Detektion von Veränderungen der zellulären Vielfalt bietet Single-Cell RNA Sequencing ein großes Potenzial für die Entdeckung neuer Biomarker und die Analyse therapeutischer Mechanismen.
Video: Erforschen Sie die zelluläre Vielfalt auf Einzelzellebene
Downloads
Kontaktieren Sie uns
Sie haben noch Fragen oder Interesse an unserem Service? Treten Sie gern mit uns in Kontakt. Wir werden uns schnellstmöglich um Ihr Anliegen kümmern.
Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
