Trio ExomeXtra® wird zur Diagnose einer betroffenen Patientin oder eines betroffenen Patienten mit nicht betroffenen Eltern eingesetzt. Die Einbeziehung beider nicht betroffener Elternteile in die Analyse erhöht die Chancen auf eine erfolgreiche Diagnose erheblich. Bei Trio ExomeXtra® werden die Exome der Eltern und der Indexpatientin oder des Indexpatienten sequenziert. Dies ermöglicht eine exomweite Segregationsanalyse und damit höchste Aufklärungsraten. Die komparative Exom-Diagnostik ist besonders effektiv, da die Anzahl der zu bewertenden Varianten minimiert wird und zahlreiche kostenintensive Segregationsanalysen einzelner Varianten vermieden werden.
Neben SNVs und CNVs prüfen wir auch auf uniparentale Disomien (UPD), die sowohl Isodisomien als auch Heterodisomien umfassen und ganze Chromosomen oder Teile davon betreffen.
Sie sind in Deutschland versichert? Unsere Kolleginnen und Kollegen vom Zentrum für Humangenetik Tübingen beraten Sie gerne!
Was wir Ihnen mit diesem Service bieten
Unser Versprechen an Sie
* Aufgrund der hohen Nachfrage und einer Vielzahl an eiligen und pränatalen Fällen, ist unsere Bearbeitungszeit aktuell etwas erhöht. Für eilige Proben beträgt unsere Bearbeitungszeit selbstverständlich weiterhin 2-3 Wochen.
Service Details
Unser umfassender medizinischer Bericht beinhaltet:
- Varianten mit klinischer Relevanz (ACMG class 3,4,5) – mehr Informationen
- Interpretation & Diskussion der Varianten und der betroffenen Gene
- Interpretation der genetischen Relevanz für die Familienplanung
- Empfehlungen für das klinische Krankheitsmanagement & weitere Tests
- Nachweis von Kopienzahlvarianten (CNV) mehr Informationen
Zusätzliche Dienstleistungen:
- ACMG Gen Panel – mehr Informationen
- Pharmakogenetik – mehr Informationen
- HLA-Typisierung – mehr Informationen
Beispielbefund
Unsere Standaranforderungen für Proben
- 1-2 ml EDTA-Blut (empfohlene Probenart)
- Genomische DNA (1-2 µg)
- DBS-Karten, Wangenabstriche oder Speichel sind ebenfalls möglich
Hier finden Sie weitere Informationen zum sicheren Versand Ihrer Probe.
Andere Probenmaterialquellen sind auf Anfrage möglich. Bitte beachten Sie, dass bei unzureichender Probenqualität die Analyse fehlschlagen kann. Wenn Sie mehr als eine Option an Proben haben, kontaktieren Sie uns bitte (diagnostic-support@cegat.de) und wir werden Ihnen bei der Auswahl der optimalen Probe für Ihre Patientin oder Ihren Patienten helfen.
Profitieren Sie von unserem komparativen ExomeXtra®
Im Rahmen der Auswertung beurteilt unser erfahrenes Team alle Varianten anhand neuester medizinischer Erkenntnisse. Für Varianten in Genen, die noch nicht eindeutig mit dem vermuteten Phänotyp assoziiert sind, schätzen wir den möglichen Beitrag durch umfangreiche zusätzliche Literaturrecherchen ein. Wenn wir unterstützende Beweise dafür finden, dass eine noch nicht beschriebene Variante zum Phänotyp beiträgt, wird diese Variante in unserem medizinischen Befund besprochen. Der Vergleich der Daten der betroffenen Patientin oder des Patienten (Index) mit denen der nicht betroffenen Eltern erlaubt es uns, folgende SNV/CNV-Kombinationen zu identifizieren:
- De novo – Neu im Index, bei den Eltern nicht vorhanden
- Homozygot – Homozygot im Index, heterozygot bei beiden Elternteilen
- Compound-heterozygot – Zwei oder mehr Varianten in demselben Gen im Index auf verschiedenen Allelen, jeder Elternteil ist heterozygoter Träger einer Variante
- X-linked – Männlicher Patient ist hemizygot, weiblicher Patient bzw. Mutter ist heterozygot
- Verlust der Heterozygotie – Der Index ist homozygot, ein Elternteil heterozygot, der andere Elternteil trägt die Variante nicht
- Elterlicher Mosaizismus – Index ist heterozygot, ein Elternteil hat einen genetischen Mosaizismus
Extra aufschlussreiche Ergebnisse
Unsere einzigartige Analysestrategie berücksichtigt häufig übersehene Aspekte, wie z. B. leicht betroffene Eltern
Die Standard-Trio-Exom-Diagnostik basiert auf der Annahme, dass beide Elternteile nicht betroffen sind. Diese Filterung ignoriert, dass einige Eltern z. B. nur leicht betroffen sind und kann daher zu falsch negativen Befunden führen. Wir begegnen solchen Gegebenheiten mit einer einzigartigen Analysestrategie, die Fälle löst, in denen der Phänotyp verursacht wird durch Varianten in Genen mit:
- reduzierter Penetranz
- variabler Expressivität
- Imprinting-Effekt
Außerdem werden Varianten im mitochondrialen Genom ausgewertet, sofern der Phänotyp auf mitochondriale Erkrankungen hinweist. Im Falle einer Pränataldiagnostik wird die Analyse der mtDNA immer durchgeführt.
Wir erkennen und melden auch uniparentale Disomien (UPD). UPDs können Krankheiten aufgrund von Imprinting-Effekten, zugrundeliegenden homozygoten pathogenen Varianten oder geringfügigen Mosaikanomalien hervorrufen. Wir sind in der Lage über alle vier möglichen UPD-Konstellationen zu berichten: maternale Heterodisomien, maternale Isodisomien, paternale Isodisomien und paternale Heterodisomien.
Abbildung 2: A) Im Normalfall wird ein Exemplar jedes Chromosoms von jedem Elternteil vererbt.
B) Eine Uniparentale Disomie (UPD) liegt vor, wenn beide Chromosomenpaare nur von einem Elternteil vererbt werden. Das bedeutet, dass das Chromosom des anderen Elternteils für dieses Paar fehlt. Die Abbildung zeigt die möglichen Arten von UPDs, die maternal (beide rot) oder paternal (beide blau) vererbt werden. UPDs werden auch je nach Konstellation weiter unterteilt: wenn ein Chromosom doppelt vererbt wird (Isodisomie) oder wenn jedes Chromosomenpaar vererbt wird (Heterodisomie).
Extra tiefgehende Analyse
Bei der vergleichenden Familien-Exom-Diagnostik wird neben der DNA der Patientinnen und Patienten auch die DNA von deren Verwandten sequenziert. Die am häufigsten durchgeführte Analyse ist das Trio ExomeXtra®: Der Einbezug beider nicht betroffener Eltern erhöht die diagnostischen Erfolgschancen auf etwa das Doppelte im Vergleich zur Einzel-Exom-Diagnostik.1
Bei Familienkonstellationen, bei denen es nicht möglich ist, eine Probe beider genetischer Elternteile zu erhalten, oder bei denen ein Elternteil ebenfalls betroffen sein könnte, ermöglicht CeGaTs ExomeXtra® flexible bioinformatische Pipeline die Analyse aller Arten von Familienkombinationen, wie z. B. Duos.
Diese Untersuchung geht über die übliche Analyse individueller und gemeinsamer Varianten von zwei Personen hinaus. CeGaTs ExomeXtra® ist der beste Ansatz, um Fälle mit nur einem Elternteil (betroffen oder nicht betroffen) oder andere indexbezogene Konstellationen zu lösen. Eine detaillierte phänotypische Beschreibung aller betroffenen Personen ist die Grundlage für eine präzise und erfolgreiche Dateninterpretation.
Referenzen
1 Farwell, K. D. et al. Enhanced utility of family-centered diagnostic exome sequencing with inheritance model-based analysis: results from 500 unselected families with undiagnosed genetic conditions. Genetics in medicine : official journal of the American College of Medical Genetics 17, 578–586; 10.1038/gim.2014.154 (2015).
Weitere Informationen
Webinar: Besser als Exom, smarter als Genom
Dr. Dr. Saskia Biskup über ExomeXtra®
Trio-Exom-Diagnostik: Eine der effektivsten Methoden in der genetischen Diagnostik
Wir identifizieren krankheitsverursachende Veränderungen im Fötus
Entwicklung des bestmöglichen Exoms
Wie unsere Exom-Diagnostik Leben retten kann
Fallbeispiel: Wenn Gendiagnostik Leben rettet
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