Transkriptom-Analysen liefern entscheidende Erkenntnisse über verschiedene zelluläre Prozesse und Eigenschaften. Änderungen in der Umgebung einer Zelle können zur Änderung ihres Transkriptoms führen. Da sich Zellen zu Geweben zusammenfügen, wird das Transkriptom jeder einzelnen Zelle stark durch das umgebende Gewebe beeinflusst. Bringt man also das Transkriptom einer Zelle mit ihrer Gewebemorphologie in Zusammenhang, können wertvolle, neue Erkenntnisse gewonnen werden. Die räumliche Sequenzierung des Transkriptoms kombiniert herkömmliche Verfahren zur Färbung und Bildgebung von Geweben mit der RNA-Sequenzierung. Mit den daraus resultierenden, komplexen Daten können biologische Strukturen aufgedeckt werden. Darüber hinaus kann die räumliche Analyse des Transkriptoms die Heterogenität des Gewebes verdeutlichen, eine Gewebsklassifizierung basierend auf Expressions-Profilen ermöglichen und zur Entdeckung neuer Biomarker führen.
Wir bieten verschiedene Spatial-Transcriptome-Sequencing-Produkte an, damit Sie neue Erkenntnisse in der Entwicklungsbiologie, der Pathologie von Krankheiten und der translationale Forschung gewinnen können.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Spatial Transcriptome Sequencing
Wir bieten verschiedene Spatial-Transcriptome-Sequencing (STS)-Produkte für eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Die Produkte unterschieden sich in der Auflösung und der Probenart. Sie können zwischen unseren Standard (SD)-Produkten und unseren hochauflösenden (high-definition, HD)-Produkten wählen. Beide Auflösungen sind für FFPE-Gewebeblöcke und FFPE-Schnitte verfügbar. Wenn Sie mehr über die Unterschiede der Auflösung der SD und HD-Produkte erfahren möchten, könnte sich ein Blick in unseren Informationsflyer lohnen. Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
STS SD Block | STS SD Slide | STS HD Block | STS HD Slide |
Spezies | Spezies | Spezies | Spezies |
Probenart | Probenart | Probenart | Probenart |
Ziel Genexpression | Ziel Genexpression | Ziel Genexpression | Ziel Genexpression |
Plattform | Plattform | Plattform | Plattform |
Auflösung ~ 5.000 barcodierte Spots | Auflösung ~ 5.000 barcodierte Spots | Auflösung ~ 11 Millionen | Auflösung ~ 11 Millionen |
Output
| Output
| Output 275 Millionen Read-Paare
| Output 275 Millionen Read-Paare
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Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen |
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir analysieren Ihre Spatial-Transcriptome-Sequencing-Daten mit der Space Ranger-Software von 10x Genomics®. Dieser Workflow umfasst das Demultiplexing der Sequenzierdaten (inklusive Index-Reads, FASTQ-Datei), das Mapping der Sequenzierdaten (BAM-Datei), die Erstellung der Standard-Loupe-Browser-Visualisierungs-Datei (CLOUPE-Datei), die Erstellung der Mapped Count Tables für die nachfolgenden Analysen (TSV-Datei), sowie die vorläufige Clustering-Analyse (CSV-Datei) und die vorläufige differentielle Genexpressionsanalyse (CSV-Datei). Ihre Expressionsdaten werden mit dem Bild der H&E-Färbung kombiniert, welches die morphologischen Informationen enthält. Matrix-Dateien (H5-Datei) enthalten die komprimierten Ergebnisse. Ein interaktive Webzusammenfassung enthält zusammenfassende Metriken und Ergebnisse der Sekundäranalysen (HTML-Datei). Zusätzlich zu den Daten wird ein Projektbericht verfasst (PDF-Datei).
Technische Information
Für beide Produktarten – STS SD und STS HD – können zwei Proben der gleichen Probenart parallel auf einem 10x Genomics® Visium-Objektträger bearbeitet werden, da jeder Objektträger zwei Aufnahmebereich besitzt. Jeder Aufnahmebereich hat eine Größe von 6,5 mm x 6,5 mm.
Die Visium-Objektträger für STS SD besitzen ca. 5.000 barcodierte Spots pro Aufnahmebereich. Es wird empfohlen mindestens 25.000 Read-Paare pro mit Gewebe abgedecktem Spot zu sequenzieren. Sind alle Spots von Gewebe bedeckt, ergeben sich hieraus 125 Millionen Read-Paare pro Aufnahmebereich. Sollte ein Aufnahmebereich von 6,5 mm x 6,5 mm zu klein für Ihr Projekt sein, lassen Sie uns das gerne wissen. Es sind Objektträger für STS SD mit zwei Aufnahmebereichen von jeweils 11 mm x 11 mm und 14.000 barcodierten Spots verfügbar.
Die Visium-Objektträger für STS HD besitzen ca. 11 Millionen zusammenhängende, barcodierte Quadrate. Es wird empfohlen, 275 Millionen Read-Paare für einen vollständig abgedeckten Aufnahmebereich zu sequenzieren.
Bei CeGaT wird die Sequenzierung mit den Sequenzierplattformen von Illumina durchgeführt. Wenn Sie eine andere Sequenziertiefe benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Weitere Informationen zu Spatial Transcriptome Sequencing
Die Einzelzell-RNA-Sequenzierung hat die biomedizinische Forschung maßgeblich im Bereich der Transkriptomanalyse vorangetrieben. Mit der Einzelzell-RNA-Sequenzierung kann die Heterogenität einer biologischen Probe auf Einzelzell-Ebene untersucht werden. Allerdings zerstören Einzelzell-RNA-Sequenzierungsverfahren normalerweise durch die Einzelzellsuspensionen die histologische Organisation des Gewebes, was zum Verlust der räumlichen Information über die Lage und den Kontext der Zelle führt. Durch den Verlust dieser Information bleibt unklar, wie Zellen mit ihrer Mikroumgebung interagieren und wie sich diese Interaktionen auf jede einzelne Zelle innerhalb des Gewebes und auf das Gewebe als Ganzes auswirken. Mit der räumlichen Transkriptom-Sequenzierung („spatial transcriptome sequencing“) kann die Genexpression einer Zelle mit Gewebemorphologie kombiniert werden und die Informationen über den lokalen Kontext einer Zelle in ihrem Gewebe bleiben erhalten. Durch die Kombination der Genexpression mit der Gewebemorphologie, kann die Organisation von Zellen und Geweben in Gesundheit und Krankheit besser verstanden werden. Die räumliche Transkriptom-Sequenzierung kann daher zum Beispiel in der Grundlagenforschung oder auch in der klinischen Forschung verwendet werden, insbesondere im Bereich der Neurowissenschaften, der Biologie von Krebserkrankungen oder der Entwicklungsbiologie.
Mit der räumlichen Transkriptom-Sequenzierung lassen sich die komplexe Vielfalt der Gehirnzelltypen und ihre Organisation besser erfassen. Dieses erweiterte Verständnis ermöglicht es, neurologische Erkrankungen wie die amyotrophe Lateralsklerose oder die Alzheimer-Erkrankung noch genauer zu erforschen.
Die räumliche Transkriptom-Analyse kann auch wertvolle Erkenntnisse für die Krebsforschung liefern, indem sie die Erstellung von räumlichen Heterogenitätsprofilen von Tumoren und deren Mikroumgebung ermöglicht. Änderungen in der Genexpression eines Tumors können Aufschluss über die Tumorprogression und die Entstehung von Metastasen geben. Darüber hinaus kann die räumliche Transkriptom-Analyse zur Vertiefung der Kenntnisse in der Entwicklungsbiologie und Hämatopoese führen. Neben der Erstellung von räumlichen Karten komplexer Gewebe können auch umfassende Enwicklungspfade mit der räumlichen Transkriptom-Analyse rekonstruiert werden, wie zum Beispiel die Geweberegeneration, die Embryonalentwicklung oder die Stammzelldynamik. Kombiniert man die räumliche Transkriptomsequenzierung mit Arzneimitteltests, lässt sich die Reaktion eines Gewebes auf verschiedene Behandlungen beobachten, zum Beispiel während der Identifizierung von Angriffspunkten für Arzneimittel.
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Starten Sie Ihr Projekt mit uns
Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
