Small RNA Sequencing dient der Untersuchung kurzer RNA-Moleküle, welche eine wichtige Rolle bei der Stilllegung von Genen, auch Gen-Silencing genannt, und bei der posttranskriptionellen Regulation der Genexpression spielen. Die Sequenzierung von so genannten Small RNAs, also kleinen RNAs, erlaubt eine detaillierte Analyse der Moleküle und ermöglicht damit:
- die Erfassung aller Small RNAs und miRNAs im Transkriptom
- die Identifizierung von neuen Small RNAs
- die gewebespezifische differenzielle Expressionsanalyse von Small RNAs
- die Identifizierung neuer Biomarker für Krebs und andere Erkrankungen
Mit unseren Small-RNA-Sequencing-Produkten erhalten Sie zuverlässige und genaue Einblicke in kleine RNA-Moleküle.
CeGaT ist der beste Partner für Ihr Sequenzierprojekt
Unser Engagement für Sie
Schnelle Bearbeitung
Bearbeitungszeit
≤ 15 Werktage
Hohe Qualität
Höchste Genauigkeit bei allen Prozessen
Sichere Datenlieferung
Sichere Bereitstellung der sequenzierten Daten über hausinterne Server
Sichere Aufbewahrung
Sichere Proben- und Datenaufbewahrung nach Projektabschluss
Unser Service
Uns ist eine umfangreiche und erstklassige Projektbegleitung wichtig − von der Auswahl des passenden Produktes bis zur Auswertung der Daten. Jedes Projekt wird von einer engagierten Wissenschaftlerin oder einem engagierten Wissenschaftler begleitet, so dass Ihnen während des gesamten Projektverlaufs eine Ansprechpartnerin oder ein Ansprechpartner zur Seite steht.
Unser Service umfasst:
- Ausführliche Projektberatung
- Produktauswahl abgestimmt auf Ihr Projekt
- Umfangreiche bioinformatische Auswertung Ihrer Daten
- Abschließender und detaillierter Projektbericht mit Informationen zur Probenqualität, Sequenzierparametern, bioinformatischen Analysen und Ergebnissen
Profitieren Sie von unserem hervorragenden Support und unseren akkreditierten Arbeitsabläufen.
Unser Produktportfolio für Small RNA Sequencing
Wir bieten verschiedene Small-RNA-Sequencing (SRS)-Produkte für eine Vielzahl von Forschungsfragen an. Wünschen Sie zusätzlich zu den beinhalteten Leistungen bioinformatische Analysen Ihrer Daten? Jedes unserer Produkte kann durch weitere Dienstleistungen ergänzt werden. Wir beraten Sie gerne.
SRS Classic | SRS Flex |
Spezies | Spezies |
RNA-Qualität & Input | RNA-Qualität & Input |
Sequenzierplattform | Sequenzierplattform |
Output | Output |
Beinhaltete Leistungen | Beinhaltete Leistungen |
Bioinformatik
Die Rohdaten der Sequenzierung werden automatisch verarbeitet. Wir bieten verschiedene Level bioinformatischer Analysen an. Das Standardlevel ist Level 1. Mit steigendem Bioinformatiklevel werden mehr Daten geliefert. Alle höheren Level beinhalten dabei die Daten der vorherigen Level. Zusätzlich zu den Daten und unabhängig vom Analyselevel wird ein Projektbericht verfasst.
Level 1:
- Demultiplexing der Sequenzierdaten (FASTQ-Datei)
Level 2:
- Annotation mit miRbase (TSV-Datei)
- Quantifizierung der miRNAs (TSV-Datei)
- Experimentweiter Vergleich (HTML-Datei)
- Vorhersage neuer miRNAs (TSV- und PDF-Dateien)
Level 3:
- Normalisierung (TSV-Datei)
- differenzielle Genexpressionsanalyse (Reads können auf bekannte miRNAs und pre-miRNAs gemapped werden) (TSV-Datei)
- Visualisierung (PDF-Datei)
⚠ Für die differenzielle Genexpressionsanalyse sind mindestens drei Replikate pro Gruppe erforderlich.
Technische Information
Die Sequenzierung von kleinen RNA-Molekülen wird mit den Sequenzierplattformen von Illumina im Single-Read-Modus (1 x 72 bp) mit mindestens zehn Millionen Clustern pro Probe durchgeführt. Wenn Sie andere Sequenzierparameter benötigen, lassen Sie es uns gerne wissen! Wir können Ihnen weitere Lösungen anbieten.
Weitere Informationen zu Small RNA Sequencing
Bei Small RNA Sequencing, auch bekannt als small RNAseq oder sRNAseq, werden Sequenziertechnologien mit hohem Durchsatz eingesetzt, um Informationen über kleine, nicht-kodierende RNA-Moleküle zu erhalten. Diese kleinen RNA-Moleküle haben eine Länge zwischen zwanzig und 200 Nukleotiden und sind in der Regel nicht-kodierend. Zu Small RNAs gehören die Small nucleolar RNA (snoRNA), Small conditional RNA (scRNA), Piwi-interacting RNA (piRNA), Micro RNA (miRNA), YRNA (Bestandteile des Ro60-Ribonukleoproteinpartikels), tRNA-derived small RNA (tsRNA), rRNA-derived small RNA (rsRNA), und Small interfering RNA (siRNA). Die Funktionen dieser kleinen RNAs reichen von der RNA-Interferenz, auch als RNAi bekannt, über die RNA-Verarbeitung und -Modifikation bis hin zur Gen-Stilllegung (“gene silencing”), der Proteinstabilität und dem Proteintransport sowie epigenetischen Veränderungen.
Die Untersuchung von Small RNAs bietet daher ein breites Spektrum an Anwendungen. Die unterschiedliche Expression aller Small RNAs in einer Probe kann mittels Sequenzierung bestimmt werden. Dazu gehört auch das Expressionsprofil von miRNAs und anderen Small RNAs. Durch die Analyse dieser Small-RNA-Expressionsprofile kann das Verständnis der Zellregulation erhöht werden. Aber auch die Dysregulation unter pathologischen Bedingungen kann besser verstanden werden und zur Identifizierung von Biomarkern in der Diagnostik oder für die Einordnung von Krankheiten, wie z. B. Krebs, genutzt werden. Da Small RNAs auch eine entscheidende Rolle bei der Regulation spielen, können regulatorische Netzwerke identifiziert und untersucht werden,
um Entwicklungsmechanismen von Geweben und Organismen besser zu verstehen. Außerdem können neue Small RNAs mit Small RNA Sequencing entdeckt werden. Diese Erkenntnisse können dann für die Vorhersage von weiteren Small RNAs genutzt werden.
MiRNAs können vor allem im Zusammenhang mit Krankheiten von besonderem Interesse sein. Micro RNAs, abgekürzt als miRNAs, sind kleine, nicht-kodierende RNA-Moleküle, die etwa zweiundzwanzig Nukleotiden lang sind. MiRNAs kommen in Tieren, Pflanzen und einigen Viren vor. Ihre Funktion besteht in der Stilllegung von RNAs (“RNA silencing”) und in der posttranskriptionellen Regulierung der Genexpression. Durch Bindung an eine komplementäre mRNA-Sequenz inhibieren miRNAs die entsprechenden mRNA-Moleküle. Da miRNAs eine zentrale Rolle für die normale Funktion eukaryotischer Zellen spielen, können dysfunktionale miRNAs mit Krankheiten assoziiert sein. Small RNA Sequencing kann somit Einblicke in die Entstehung und Entwicklung von Krankheiten wie Krebs, Herz- und Nierenerkrankungen oder Erkrankungen des Nervensystems geben. Mit Small RNA Sequencing kann die Expression der miRNAs quantifiziert und die Zielgene der miRNAs bestimmt werden, wodurch sich das Verständnis über miRNAs und Small RNAs verbessert. Somit hat Small RNA Sequencing ein großes Anwendungspotenzial in diagnostischen und prognostischen Bereichen.
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Gerne beraten wir Sie zu unseren Sequenzierdienstleitungen und erarbeiten mit Ihnen gemeinsam die beste Lösung, die auf Ihre klinische Studie oder Forschungsprojekt abgestimmt ist.
Bitte geben Sie, falls möglich, folgende Probeninformationen an: Ausgangsmaterial, Anzahl der Proben, bevorzugte Option für die Vorbereitung der Library, bevorzugte Sequenziertiefe und gewünschte bioinformatische Analysestufe.
