Somatische Mosaikvarianten wurden in der wissenschaftlichen Literatur in den letzten Jahren mehr und mehr als Treiber und Modifikatoren von Immundefekten und Immundysregulation aufgedeckt. Dabei können krankheitsursächliche Varianten auch mit nur sehr niedrigen Frequenzanteilen im Blut von 5 % oder weniger vorliegen, was ihren Nachweis in Standard Next-Generation-Sequencing-Panels, Exomanreicherungen und insbesondere Genomanreicherungen meist verhindert. Die high-coverage Anreicherung Deep Immunogenetics (DIG) ist ein diagnostisches Tool zur gezielten Untersuchung auf Sequenzvarianten im Mosaikstatus bei Immunstörungen.
Die Deep Immunogenetics-Anreicherung umfasst 337 Gene, welche mit einer hohen Coverage von durchschnittlich 750-1000X abgedeckt werden. Dies ermöglicht eine Nachweisgrenze für Sequenzvarianten im Mosaikstatus von ≥5 % der sequenzierten Reads, bzw. ≥2 % für Varianten in bekannten Hotspots. Alle Gene werden parallel sequenziert und die Gene interpretiert, die mit dem Phänotyp der Patientin oder des Patienten assoziiert sind. Unten finden Sie unsere vorgeschlagenen Gen-Sets sowie alle Gene der Anreicherung.
Für den Untersuchungsauftrag kann aus den Gen-Sets für autoimmun-lymphoproliferative oder autoinflammatorische Erkrankungen gewählt werden. Eine eigene Zusammenstellung von Genen für individuelle diagnostische Fragestellungen ist nach Rücksprache ebenfalls möglich.
Sie sind in Deutschland versichert? Unsere Kolleginnen und Kollegen vom Zentrum für Humangenetik Tübingen beraten Sie gerne!
Was wir Ihnen mit diesem Panel bieten
Unser Versprechen an Sie
Ihre Vorteile
Es ist möglich, ein einzelnes oder mehrere vordefinierte Gen-Sets anzufordern. Zusätzlich zur vollumfänglichen Analyse der Gene des angeforderten Gen-Sets erweitern wir die Analyse um zusätzliche Gene im Rahmen einer Differentialdiagnose. Wir berichten hier Varianten unklarer Signifikanz (ACMG Klasse 3) sowie pathogene und wahrscheinlich pathogene Varianten (ACMG Klassen 4 und 5) für das primär beauftragte Gen-Set. Bei den Genen, die aufgrund der Differentialdiagnose untersucht wurden, beschränken wir den Befund auf pathogene und wahrscheinlich pathogene Varianten (ACMG Klassen 4 und 5), die mit der Indikation der/des Ratsuchenden im Zusammenhang stehen könnten.
Methode
Die Anreicherung der kodierenden Bereiche, sowie der angrenzenden Intronbereiche erfolgt mit einer Hybridization-in-Solution-Technologie. Hierbei wird die Auswahl der anzureichernden Bereiche getroffen und die Anreicherungs-Baits designt. Die Hochdurchsatz-Sequenzierung wird auf unseren Illumina-Plattformen durchgeführt. Mittels hausinterner Computercluster werden die Daten bioinformatisch aufbereitet.
Anschließend wertet unser Team aus Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern sowie Fachärztinnen und Fachärzten für Humangenetik die Daten aus und erstellt einen medizinischen Befund.
Beispielbefund
Allgemeine Informationen
Material
- 1–2 ml EDTA-Blut (empfohlene Probenart), oder
- 1–2 µg genomische DNA
- CeGaT-Einsendeformular inkl. schriftliche Einverständniserklärung nach GenDG
Hier finden Sie weitere Informationen zum sicheren Versand Ihrer Probe.
Kosten
Die Preise für unsere humangenetische Diagnostik sind abhängig von der Größe des gewählten Diagnostik-Panels sowie dem/den gewählten Gen-Set/s. Neben der Sequenzierung und der bioinformatischen Analyse ist auch die Erstellung eines medizinischen Befundes durch unser Expertenteam, bestehend aus Humangenetikerinnen und Humangenetikern sowie Diagnostikerinnen und Diagnostikern, im Preis enthalten.
Gen Sets – Deep Immunogenetics
Wir empfehlen, die high-coverage Anreicherung Deep Immunogenetics als zweite Stufe nach einer Exom- oder Paneluntersuchung durchzuführen.
Optionale Stufe 1: Exomanreicherung
Abnorme Lymphoproliferation (AID05, 33 Gene)
EBV-Suszeptibilität mit Lymphoproliferation / ALPS
CARMIL2, CASP10, CASP8, CD27, CD70, CORO1A, CTPS1, FADD, FAS, FASLG, IL2RA, IL2RB, ITK, KRAS, LAT, LRBA, MAGT1, NFKB1, NRAS, PIK3CD, PIK3R1, PRKCD, RASGRP1, SH2D1A, STAT3, STK4, TET2, TNFRSF9, XIAP
Periodisches Fiebersyndrom mit/ohne Urtikaria (AID01, 9 Gene)
ELANE, MEFV, MVK, NLRP12, NLRP3, NOD2, OTULIN, PSTPIP1, TNFRSF1A
Weitere autoinflammatorische Erkrankungen ohne Typ-I-Interferonopathien (35 Gene, AID02)
Inflammation mit Vaskulitis, Leitsymptom Inflammation der Gelenke/Knochen, Leitsymptom Inflammation der Haut
ADA2, ADAM17, AP1S3, ARPC1B, CARD11, CARD14, COPA, DPP9, ELF4, HAVCR2, HCK, IL1RN, IL36RN, LPIN2, LYN, NCKAP1L, NFKB1, NLRC4, NLRP1, NOD2, OTULIN, PLCG2, POMP, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, RELA, RIPK1, SLC29A3, SYK, TNFAIP3
Weitere Gensets finden Sie auf den Einsendeformularen für Immundefekte und Blutbildungsdefekte.
Stufe 2: Deep Immunogenetics Anreicherung
Lymphoproliferation und Autoimmunität (47 Gene, DIG01)
ADA2, CARD11, CARMIL2, CASP10, CASP8, CBLB, CCL22, CD27, CD70, CDC42, CTLA4, CTPS1, DEF6, FADD, FAS, FASLG, HAVCR2, IKZF1, IKZF3, IL2RA, IL2RB, ITK, JAK2, JAK3, KRAS, LAT, LRBA, MAGT1, NCKAP1L, NFKB1, NRAS, PIK3CD, PIK3R1, PRKCD, PTEN, PTPN11, RASGRP1, SH2D1A, SOCS1, STAT1, STAT3, STAT5B, STK4, TET2, TNFRSF9, XIAP, ZAP70
Autoinflammation (60 Gene, DIG02)
ADA2, AP3B1, BACH2, CARD11, CARD14, CDC42, CEBPE, COPA, CTLA4, GATA2, HAVCR2, HCK, IFIH1, IL6ST, JAK1, LYN, LYST, NCKAP1L, NFKB1, NLRC4, NLRP1, NLRP12, NLRP3, NOD2, OAS1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CG, PLCG1, PLCG2, POMP, PRF1, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, RAB27A, RC3H1, RELA, RIPK1, SLC7A7, SOCS1, STAT1, STAT2, STAT4, STAT6, STING1, STX11, STXBP2, SYK, TLR8, TNFAIP3, TNFRSF1A, TREX1, UBA1, UNC13D, XIAP
Genverzeichnis – Panel für Deep Immunogenetics
ABL1, ACD, ADA, ADA2, AK2, AP3B1, ARID1A, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, B2M, BACH2, BCL10, BCL11B, BCL2, BCOR, BCORL1, BIRC3, BLM, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRCC3, BRIP1, BTK, CALR, CARD11, CARD14, CARMIL2, CASP10, CASP8, CBL, CBLB, CBLC, CCL22, CCND1, CD247, CD27, CD28, CD3D, CD3E, CD3G, CD48, CD70, CD79B, CD8A, CDC42, CDKN2A, CEBPA, CEBPE, CHD7, CIITA, COPA, COPG1, CREBBP, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTC1, CTCF, CTLA4, CTPS1, CUX1, CXCR4, CYBA, CYBB, CYBC1, DCLRE1C, DDX41, DEF6, DIS3, DKC1, DNAJC21, DNMT3A, DOCK2, DUT, EFL1, EGR1, EP300, ERBIN, ERCC4, ERCC6L2, ETNK1, ETV6, EXOC3L2, EZH2, FADD, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FASLG, FBXW7, FCHO1, FERMT1, FLT3, FOXI3, FOXN1, FOXO1, FYN, G6PD, GATA1, GATA2, GNAS, GNB1, GRHL2, HAVCR2, HCK, HRAS, ICOS, ID3, IDH1, IDH2, IFIH1, IKBKB, IKZF1, IKZF3, IL21R, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL6R, IL6ST, IL7R, IRF4, ITK, JAK1, JAK2, JAK3, KDM6A, KIT, KLF2, KLHL6, KMT2A, KMT2D, KRAS, LAT, LCK, LCP2, LIG1, LIG4, LIPA, LRBA, LYN, LYST, MAD2L2, MAGT1, MALT1, MAP2K1, MAP3K14, MECOM, MEF2B, MPL, MPO, MSN, MTHFD1, MTR, MYC, MYD88, MYSM1, NBN, NCF1, NCF2, NCF4, NCKAP1L, NF1, NFE2L2, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NHEJ1, NHP2, NLRC4, NLRP1, NLRP12, NLRP3, NOD2, NOP10, NOTCH1, NOTCH2, NPM1, NRAS, OAS1, ORAI1, PALB2, PARN, PAX1, PAX5, PDGFRA, PDGFRB, PGM3, PHF6, PIGA, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PLCG1, PLCG2, PNP, POMP, POT1, PPM1D, PRF1, PRKCD, PRKDC, PRPF40B, PRPF8, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, PTEN, PTPN11, PTPRC, RAB27A, RAC2, RAD21, RAD51, RAD51C, RAF1, RAG1, RAG2, RASGRP1, RBM8A, RBSN, RC3H1, RECQL4, RELA, RELB, RFWD3, RFX5, RFXANK, RFXAP, RHOA, RIPK1, RMRP, RPL11, RPL15, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS15, RPS19, RPS24, RPS26, RPS27, RPS28, RPS29, RPS7, RPSA, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SETBP1, SF1, SF3A1, SF3B1, SGK1, SH2B3, SH2D1A, SLC19A2, SLC46A1, SLC7A7, SLX4, SMC1A, SMC3, SOCS1, SRP54, SRP72, SRSF2, STAG2,STAT1, STAT2, STAT3, STAT4, STAT5B, STAT6, STIM1, STING1, STK4, STX11, STXBP2, SUZ12, SYK, TAP1, TAP2, TAPBP, TBX1, TCN2, TERC, TERT, TET2, TFRC, THPO, TINF2, TLR8, TNFAIP3, TNFRSF1A, TNFRSF9, TP53, TREX1, TSR2, U2AF1, U2AF2, UBA1, UBE2T, UBR5, UNC13D, USB1, VAV1, WAS, WIPF1, WRAP53, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, ZAP70, ZCCHC8, ZEB2, ZRSR2
Die Deep Immunogenetics Anreicherung umfasst 337 Gene. Falls Sie an einer individuellen Auswahl der gelisteten Gene interessiert sind, können Sie uns gerne kontaktieren.
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