{"id":78465,"date":"2025-01-09T10:00:20","date_gmt":"2025-01-09T09:00:20","guid":{"rendered":"https:\/\/cegat.com\/?p=78465"},"modified":"2025-02-25T09:30:01","modified_gmt":"2025-02-25T08:30:01","slug":"warum-eine-niedrigere-on-target-rate-nicht-zwangslaeufig-schlecht-ist","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/cegat.com\/de\/warum-eine-niedrigere-on-target-rate-nicht-zwangslaeufig-schlecht-ist\/","title":{"rendered":"Warum eine niedrigere On-Target Rate nicht zwangsl\u00e4ufig schlecht ist"},"content":{"rendered":"

Die On-Target Rate (Zielerreichungsrate) kann wertvolle Informationen \u00fcber die Spezifit\u00e4t der Zielanreicherung geben. Normalerweise wird diese Rate als Verh\u00e4ltnis der Anzahl sequenzierter Basen, die die Zielregion abdecken und der gesamten Anzahl an Basen, die gemapped wurden, berechnet. Neben der Berechnung des Prozentsatzes der Basen auf der Zielregion, welche auch bekannt sind als On-Target Basen, kann auch der Prozentsatz der Reads auf der Zielregion berechnet werden, welche auch bekannt sind als On-Target Reads. Die Rate der On-Target Reads beinhaltet alle sequenzierten Reads, die an die Zielregion mappen, auch wenn es nur eine einzige Base ist. Je mehr Basen oder Reads an die Zielregion mappen, desto h\u00f6her ist die On-Target Rate (siehe Abbildung 1). Es wird oft angenommen, dass niedrige On-Target Raten durch verbesserungsf\u00e4higes Sonden-Design, minderwertige Substanzen oder Probleme w\u00e4hrend der Vorbereitungsschritte, wie der Vorbereitung der Library oder der Erfassung der Hybride, zustande kommen.<\/p>\n<\/div>

\"Grafik<\/a><\/span><\/div><\/div>

Abbildung 1 | Erkl\u00e4rung der verschiedenen On-Target Raten.<\/strong> In unserem Beispiel wurden 40 Reads sequenziert. Von diesen 40 Reads mappen 31 Reads (teilweise) auf die Zielregion (rot). Nicht alle Basen eines Reads m\u00fcssen an die Zielregion mappen, um ein Read zu einem On-Target Read zu machen \u2013 bereits eine gemappte Base eines Reads reicht, damit der Read zu einem On-Target Read wird. Im Beispiel betr\u00e4gt die On-Target Rate f\u00fcr Reads 31\/40 \u2248 77.5%. Die hellrote Box hebt die Basen hervor, die auf die Zielregion mappen, wodurch sie zu On-Target Basen werden.<\/p>\n<\/div>

W\u00e4hrend der Zielanreicherung werden Fragmente durch Sonden, die komplement\u00e4r zur Zielregion sind, erfasst. Die Abdeckung der Zielregion nimmt generell zu den R\u00e4ndern hin ab im Vergleich zur Mitte der Zielregion. Die Anreicherungssonden werden daher bei uns so entworfen, dass sie die Zielgrenzen (z.B. des Exons) so abdecken, dass eine ausreichende Abdeckung der R\u00e4nder der Zielregion gew\u00e4hrleistet ist. Dies erh\u00f6ht die Abdeckung der R\u00e4nder auf Kosten einer niedrigeren On-Target Rate, da die erfassten Fragmente nur noch teilweise mit der Zielregionen \u00fcberlappen. Es kann also irref\u00fchrend sein, wenn man die On-Target Rate als Qualit\u00e4tsparameter in zielorientierten Sequenzierexperimenten nutzt. Wenn man die Abdeckung \u00fcber die R\u00e4nder des Exons hinaus in die angrenzenden Regionen erweitert, dann k\u00f6nnen diese Regionen in den anschlie\u00dfenden Analysen mit betrachtet werden. Unsere langj\u00e4hrige Erfahrung in der Genetik und Sequenzierung zeigt uns, dass relevante Informationen in diesen angrenzenden Regionen zu finden sind. Daher m\u00f6chten wir nicht die On-Target Rate optimieren, wenn dies gleichzeitig bedeutet, dass die Regionen, die an die Exons angrenzen, nicht mehr analysiert werden k\u00f6nnen.<\/p>\n<\/div>

CeGaTs On-Target Rate ist unter Umst\u00e4nden geringer als die der Mitbewerber. Allerdings liefern wir daf\u00fcr weitere Details aus den relevanten Regionen, die an die Zielregionen angrenzen.<\/p>\n<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[210],"tags":[],"class_list":["post-78465","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-analysen"],"yoast_head":"\nWarum eine niedrigere On-Target Rate nicht zwangsl\u00e4ufig schlecht ist<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Die On-Target Rate (Zielerreichungsrate) kann wertvolle Informationen \u00fcber die Spezifit\u00e4t der Zielanreicherung geben.\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" 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