{"id":76913,"date":"2024-10-31T09:00:37","date_gmt":"2024-10-31T08:00:37","guid":{"rendered":"https:\/\/cegat.com\/?p=76913"},"modified":"2024-10-30T10:54:59","modified_gmt":"2024-10-30T09:54:59","slug":"eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/","title":{"rendered":"Eine Frage der Aufl\u00f6sung – Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing"},"content":{"rendered":"

Die Einzelzell-RNA-Sequenzierung (\u201esingle-cell RNA sequencing\u201c) hat die T\u00fcr f\u00fcr viele neue Forschungsfragen und pharmazeutische L\u00f6sungen ge\u00f6ffnet. Doch was ist hier anders als bei fr\u00fcheren Ans\u00e4tzen? Wir m\u00f6chten die Grundlagen der Einzelzell-RNA-Sequenzierung erkl\u00e4ren und ihre Unterschiede zum Standardansatz, der Sequenzierung der gesamten RNA einer Probe (\u201ebulk RNA sequencing\u201c), aufzeigen.<\/p>\n

Wenn wir an unseren K\u00f6rper denken, scheinen die Zellen innerhalb eines bestimmten Gewebetyps auf den ersten Blick alle gleich zu sein. Angenommen, Sie nehmen eine Probe aus einem Gewebe. Welche Schlussfolgerungen lassen sich aus dem Standardansatz und aus der Einzelzell-RNA-Sequenzierung ziehen? Abbildung 1 gibt hierauf eine Antwort: Sie zeigt, dass die Sequenzierung der gesamten DNA einer Probe das durchschnittliche Expressionsniveau einzelner Gene in allen Zellen der Probe wiedergibt. Allerdings haben die Zellen in den Proben oft unterschiedliche Funktionen und folglich auch v\u00f6llig unterschiedliche Expressionsmuster. An dieser Stelle kommt die Einzelzell-RNA-Sequenzierung ins Spiel. Sie erm\u00f6glicht die Aufl\u00f6sung der Genexpression auf Einzelzellebene. So k\u00f6nnen Unterschiede zwischen den Zelltypen innerhalb einer Probe erkannt werden.<\/p>\n<\/div>

\"Der<\/a><\/span><\/div><\/div>

Abbildung 1 | Der Unterschied zwischen der Standard RNA Sequenzierung und der Sequenzierung von Einzelzell-RNA.<\/strong>
\nMit der Standard RNA Sequenzierung k\u00f6nnen die unterschiedlichen Expressionsmuster der Zellen nicht unterschieden werden. Die Einzelzell-RNA-Sequenzierung erm\u00f6glicht hingegen die Aufl\u00f6sung der Genexpression auf der Ebene einer einzelnen Zelle.<\/p>\n<\/div>

Aber wie funktioniert die Einzelzell-Sequenzieurung? Abbildung 2 gibt hierzu eine \u00dcbersicht. Bei der Einzelzell-RNA-Sequenzierung werden Mikrofluide zur Aufteilung der Zellen verwendet. Zus\u00e4tzlich basiert die Methode auf sogenannten Gel-Beads, welche barcodierte Oligonukleotide enthalten. Im ChromiumTM X-Ger\u00e4t werden diese Gel-Beads mit den Zellen der Probe und Enzymen kombiniert. Die auf einem mikrofluidischen Chipkanal dabei entstehenden Tr\u00f6pfchen k\u00f6nnen als Reaktionsbl\u00e4schen betrachtet werden. Diese Bl\u00e4schen werden als Gel-Beads in Emulsion, kurz GEMs, bezeichnet. Im weiteren Prozess werden die GEMs mit den einzelnen Zellen lysiert. Innerhalb des GEM-Vesikels findet dann die protokollspezifische Enzymreaktion statt. Da die Reaktion innerhalb des GEM stattfindet, welches einen eindeutigen Barcode besitzt, wird jede entstehende cDNA eindeutigen markiert. Schlie\u00dflich werden diese eindeutig markierten cDNAs in die L\u00f6sung freigesetzt und es entsteht ein Pool von cDNAs aus mehreren Zellen. Da jede Zelle ihren eigenen Barcode hat, kann jedes DNA-Fragment im Pool sp\u00e4ter zu ihrem Zellursprung zur\u00fccksortiert werden. Dies erm\u00f6glicht die Analyse der Proben auf Einzelzellebene. Die anschlie\u00dfende Vorbereitung der NGS-Librarys aus den barcodierten cDNAs kann f\u00fcr alle Nukleotide im Pool gleichzeitig durchgef\u00fchrt werden.<\/p>\n<\/div>

\"Beispielhafter<\/a><\/span><\/div><\/div>

Abbildung 2 | Beispielhafter Arbeitsablauf f\u00fcr die Einzelzell-RNA-Sequenzierung mit dem ChromiumTM X-System.<\/strong><\/p>\n<\/div>

Beide Ans\u00e4tze, die Einzelzell-RNA-Sequenzierung und die Standard RNA-Sequenzierung, haben ihre St\u00e4rken und Schw\u00e4chen. Dies f\u00fchrt zu unterschiedlichen Anwendungsbereichen f\u00fcr jede Methode. Die Sequenzierung der gesamten RNA einer Probe ist weniger arbeitsintensiv und zeitaufw\u00e4ndig als die Einzelzell-RNA-Sequenzierung. Die Anwendungsbereiche sind recht vielf\u00e4ltig und umfassen den Nachweis von alternativem Splei\u00dfen und bisher unbekannten Transkripten sowie die Identifizierung neuer Biomarker f\u00fcr Krebserkrankungen und andere Krankheiten. Die erzielten Ergebnisse lassen sich jedoch nicht auf einen einzelnen Zelltyp innerhalb der Probe zur\u00fcckf\u00fchren. Die St\u00e4rke der Einzelzell-RNA-Sequenzierung besteht darin, dass sie die Untersuchung der Heterogenit\u00e4t einer Zellpopulation erm\u00f6glicht. Au\u00dferdem kann damit untersucht werden, wie Zelltypen miteinander interagieren, wie sich ihr Zustand unter verschiedenen Bedingungen \u00e4ndert oder wie Zellen von einem Zustand in einen anderen \u00fcbergehen. Allerdings ist die Methode wesentlich zeit- und kostenintensiver.<\/p>\n

Folglich kommt die Einzelzell-RNA-Sequenzierung ins Spiel, wenn die Auswertungen von Expressionsmustern in Einzelzellaufl\u00f6sung erforderlich sind. Sowohl die Einzelzell-RNA-Sequenzierung als auch die Standard RNA-Sequenzierung bieten ein breites Spektrum an unterschiedlichen Methoden und Anwendungsgebieten.<\/p>\n

M\u00f6chten Sie wissen, welche Methode am besten zu Ihrer Forschungsfrage passt? Wir helfen Ihnen gerne, dies herauszufinden.<\/p>\n<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":18,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[204,205],"tags":[],"class_list":["post-76913","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-rna-de","category-sequenzierung-de"],"yoast_head":"\nEine Frage der Aufl\u00f6sung - Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Single-Cell vs. Bulk RNA Sequencing: Entdecken Sie die entscheidenden Unterschiede. Erfahren Sie hier mehr zu diesem Thema.\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"de_DE\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"Eine Frage der Aufl\u00f6sung - Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"Single-Cell vs. Bulk RNA Sequencing: Entdecken Sie die entscheidenden Unterschiede. Erfahren Sie hier mehr zu diesem Thema.\" \/>\n<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/\" \/>\n<meta property=\"og:site_name\" content=\"CeGaT GmbH\" \/>\n<meta property=\"article:publisher\" content=\"https:\/\/www.facebook.com\/CeGaT.GmbH\/?locale=de_DE\" \/>\n<meta property=\"article:published_time\" content=\"2024-10-31T08:00:37+00:00\" \/>\n<meta name=\"author\" content=\"Team CeGaT\" \/>\n<meta name=\"twitter:card\" content=\"summary_large_image\" \/>\n<script type=\"application\/ld+json\" class=\"yoast-schema-graph\">{\"@context\":\"https:\\\/\\\/schema.org\",\"@graph\":[{\"@type\":\"Article\",\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\\\/#article\",\"isPartOf\":{\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\\\/\"},\"author\":{\"name\":\"Team CeGaT\",\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/#\\\/schema\\\/person\\\/e3657a2842bf61167c8ef2011a85a777\"},\"headline\":\"Eine Frage der Aufl\u00f6sung – Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing\",\"datePublished\":\"2024-10-31T08:00:37+00:00\",\"mainEntityOfPage\":{\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\\\/\"},\"wordCount\":1856,\"articleSection\":[\"RNA\",\"Sequenzierung\"],\"inLanguage\":\"de\"},{\"@type\":\"WebPage\",\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\\\/\",\"url\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\\\/\",\"name\":\"Eine Frage der Aufl\u00f6sung - Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing\",\"isPartOf\":{\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/#website\"},\"datePublished\":\"2024-10-31T08:00:37+00:00\",\"author\":{\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/#\\\/schema\\\/person\\\/e3657a2842bf61167c8ef2011a85a777\"},\"description\":\"Single-Cell vs. Bulk RNA Sequencing: Entdecken Sie die entscheidenden Unterschiede. Erfahren Sie hier mehr zu diesem Thema.\",\"inLanguage\":\"de\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"ReadAction\",\"target\":[\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\\\/\"]}]},{\"@type\":\"WebSite\",\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/#website\",\"url\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/\",\"name\":\"CeGaT GmbH\",\"description\":\"Genetic Insights You Can Trust\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"SearchAction\",\"target\":{\"@type\":\"EntryPoint\",\"urlTemplate\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/?s={search_term_string}\"},\"query-input\":{\"@type\":\"PropertyValueSpecification\",\"valueRequired\":true,\"valueName\":\"search_term_string\"}}],\"inLanguage\":\"de\"},{\"@type\":\"Person\",\"@id\":\"https:\\\/\\\/cegat.com\\\/de\\\/#\\\/schema\\\/person\\\/e3657a2842bf61167c8ef2011a85a777\",\"name\":\"Team CeGaT\"}]}<\/script>\n<!-- \/ Yoast SEO plugin. -->","yoast_head_json":{"title":"Eine Frage der Aufl\u00f6sung - Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing","description":"Single-Cell vs. Bulk RNA Sequencing: Entdecken Sie die entscheidenden Unterschiede. Erfahren Sie hier mehr zu diesem Thema.","robots":{"index":"index","follow":"follow","max-snippet":"max-snippet:-1","max-image-preview":"max-image-preview:large","max-video-preview":"max-video-preview:-1"},"canonical":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/","og_locale":"de_DE","og_type":"article","og_title":"Eine Frage der Aufl\u00f6sung - Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing","og_description":"Single-Cell vs. Bulk RNA Sequencing: Entdecken Sie die entscheidenden Unterschiede. Erfahren Sie hier mehr zu diesem Thema.","og_url":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/","og_site_name":"CeGaT GmbH","article_publisher":"https:\/\/www.facebook.com\/CeGaT.GmbH\/?locale=de_DE","article_published_time":"2024-10-31T08:00:37+00:00","author":"Team CeGaT","twitter_card":"summary_large_image","schema":{"@context":"https:\/\/schema.org","@graph":[{"@type":"Article","@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/#article","isPartOf":{"@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/"},"author":{"name":"Team CeGaT","@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/#\/schema\/person\/e3657a2842bf61167c8ef2011a85a777"},"headline":"Eine Frage der Aufl\u00f6sung – Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing","datePublished":"2024-10-31T08:00:37+00:00","mainEntityOfPage":{"@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/"},"wordCount":1856,"articleSection":["RNA","Sequenzierung"],"inLanguage":"de"},{"@type":"WebPage","@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/","url":"https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/","name":"Eine Frage der Aufl\u00f6sung - Single-Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing","isPartOf":{"@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/#website"},"datePublished":"2024-10-31T08:00:37+00:00","author":{"@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/#\/schema\/person\/e3657a2842bf61167c8ef2011a85a777"},"description":"Single-Cell vs. Bulk RNA Sequencing: Entdecken Sie die entscheidenden Unterschiede. Erfahren Sie hier mehr zu diesem Thema.","inLanguage":"de","potentialAction":[{"@type":"ReadAction","target":["https:\/\/cegat.com\/de\/eine-frage-der-aufloesung-single-cell-rna-sequencing-vs-bulk-rna-sequencing\/"]}]},{"@type":"WebSite","@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/#website","url":"https:\/\/cegat.com\/de\/","name":"CeGaT GmbH","description":"Genetic Insights You Can Trust","potentialAction":[{"@type":"SearchAction","target":{"@type":"EntryPoint","urlTemplate":"https:\/\/cegat.com\/de\/?s={search_term_string}"},"query-input":{"@type":"PropertyValueSpecification","valueRequired":true,"valueName":"search_term_string"}}],"inLanguage":"de"},{"@type":"Person","@id":"https:\/\/cegat.com\/de\/#\/schema\/person\/e3657a2842bf61167c8ef2011a85a777","name":"Team CeGaT"}]}},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/76913","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/18"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=76913"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/76913\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=76913"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=76913"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/cegat.com\/de\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=76913"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}