{"id":75586,"date":"2024-10-03T10:00:21","date_gmt":"2024-10-03T08:00:21","guid":{"rendered":"https:\/\/cegat.com\/?p=75586"},"modified":"2024-10-02T12:01:50","modified_gmt":"2024-10-02T10:01:50","slug":"unterschiede-von-sequenzieradaptern","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/cegat.com\/de\/unterschiede-von-sequenzieradaptern\/","title":{"rendered":"Die Unterschiede von Sequenzieradaptern – Finden Sie die richtige Kombination"},"content":{"rendered":"

Bei der Vorbereitung von Sequenzier-Librarys f\u00fcr Next-Generation-Sequencing (NGS)-Projekte werden an jede Probe Adapter angebracht. Diese Adapter sind wichtig, da sie die Bindung der Librarys an der Flow Cell erm\u00f6glichen. Doch nicht jeder Adapter ist gleich. Es sind verschiedene Kombinationsm\u00f6glichkeiten der Adapter-Bestandteile erh\u00e4ltlich. Die wichtigsten Aspekte zu diesen kurzen Sequenzen sind im Folgenden aufgef\u00fchrt.<\/strong><\/p>\n

Zun\u00e4chst ein paar grunds\u00e4tzliche Hinweise zu Adaptern: Adapter sind ca. 80 Basen lange DNA-Molek\u00fcle, die das Insert auf beiden Seiten flankieren. Jeder Adapter besteht aus drei Komponenten. Der erste integrale Bestandteil des Adapters ist die Sequenz, die die Bindung an die Flow Cell erm\u00f6glicht. Zus\u00e4tzlich befindet sich die Primer-Bindungsstelle im Adapter. Diese erm\u00f6glicht die Bindung der Polymerase w\u00e4hrend der Sequenzierung. Die dritte Komponente ist der individuelle Barcode, auch Index genannt. Dieser markiert jede Probe eindeutig. Das so-genannte Barcoding erm\u00f6glicht es, mehrere Proben f\u00fcr einen Sequenzierlauf zusammenzufassen und gemeinsam zu sequenzieren.
\nNachdem nun die Hauptbestandteile eines Adapters klarer sind, zeigt Abbildung 1 Beispiele f\u00fcr verschiedene Adapterdesigns. Bei einer fertigen Sequenzier-Library binden die Primer-Bindungsstellen (SP1 und SP2) des Adapters direkt an das Insert. Daran schlie\u00dfen sich die einzelnen Indexregionen i5 und i7 an. An der Au\u00dfenseite des Adapters befinden sich schlie\u00dflich die Flow Cell-Bindungsstellen (P5 und P7). Der Hauptunterschied im Aufbau ist die Anzahl der Indexsequenzen, die den Inserts hinzugef\u00fcgt werden. Man unterscheidet zwischen Einzel-Index- und Dual-Index-Adaptern.<\/p>\n<\/div>

\"Grafik<\/a><\/span><\/div><\/div>

Abbildung <\/strong>1<\/strong> | \u00dcbersicht \u00fcber die Kombinationsm\u00f6glichkeiten der Adapter-Bestandteile.<\/strong> Librarys mit Einzel-Index-Adaptern besitzen nur auf einer Seite des Inserts eine Index-Sequenz. Bei Dual-Index-Adaptern befinden sich auf beiden Seiten des Inserts Index-Sequenzen.<\/p>\n<\/div>

Einzel-Index-Adapter enthalten nur eine Indexsequenz (i7). W\u00e4hrend des Sequenzierungsprozesses wird der i7-Index nach dem vorw\u00e4rts Read sequenziert. Es stehen bis zu 48 eindeutige Sequenzen zur Verf\u00fcgung. Somit ist es m\u00f6glich, bis zu 48 Librarys zu erstellen. Im Gegensatz dazu beinhaltet die Dual-Index-Sequenzierung, wie der Name schon sagt, zwei Index-Sequenzen. Zus\u00e4tzlich zu einer i7-Sequenz wird eine weitere i5-Sequenz verwendet. Es wird empfohlen, ein Duales-Index-Arbeitsprotokoll zu verwenden, bei welchem die Librarys unterschiedliche, voneinander unabh\u00e4ngige Indexsequenzen erhalten. Diese Methode erm\u00f6glicht die eindeutige Markierung von bis zu 96 Proben. Eine zweite M\u00f6glichkeit der Dual-Index-Sequenzierung ist die kombinatorische Sequenzierung. Dabei teilen sich die Librarys entweder die i7- oder die i5-Sequenz.<\/p>\n

Was muss jedoch bei der Wahl des Adapterdesigns f\u00fcr Ihr Sequenzierungsprojekt beachtet werden? Da bei Single-Index-Adaptern nur eine Indexsequenz verwendet wird, sind die M\u00f6glichkeiten der individuellen Kennzeichnung begrenzt. Daher eignet sich diese Methode f\u00fcr kleinere Projekte mit weniger Proben, die zusammen sequenziert werden m\u00fcssen. Die Komplexit\u00e4t des Dual-Index Systems f\u00fchrt nicht nur zu einer h\u00f6heren Anzahl individuell markierbarer Proben, sondern auch zu einer h\u00f6heren Genauigkeit bei der Zuordnung der Reads nach der Sequenzierung. Diesen Vorteil hat man vor allem dann, wenn beide Indizes, i7 und i5, sich in jeder Probe unterscheiden. Bei einer gro\u00dfen Anzahl von Proben minimiert dieser Ansatz daher die M\u00f6glichkeit der Verwechslung zwischen Reads verschiedener Proben.<\/p>\n

Zusammenfassend l\u00e4sst sich sagen, dass Adapter die Molek\u00fcle sind, die sicherstellen, dass Ihre Probe auf einer entsprechenden Flow Cell sequenziert werden kann. Au\u00dferdem erm\u00f6glichen sie die individuelle Markierung einer Probe. Durch Unterschiede im Aufbau der Adaptersequenzen kann dies auf zwei verschiedene Arten geschehen: mit Hilfe der Single-Index-Sequenzierung oder Dual-Index-Sequenzierung. Welche Sequenzierung sich f\u00fcr Ihr Projekt am besten eignet, h\u00e4ngt unter andrem von der Anzahl Ihrer Proben ab. Finden Sie die richtige Adapter-Kombination f\u00fcr Ihr Sequenzierprojekt!<\/p>\n<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":18,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[205],"tags":[],"class_list":["post-75586","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-sequenzierung-de"],"yoast_head":"\nUnterschiede von Sequenzieradaptern<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Lesen Sie in diesem Beitrag \u00fcber die Unterschiede von Sequenzieradaptern und lernen Sie heraus, wie sie die richtingen Kombinationen finden.\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/cegat.com\/de\/unterschiede-von-sequenzieradaptern\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"de_DE\" 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