{"id":61014,"date":"2023-10-19T12:05:26","date_gmt":"2023-10-19T10:05:26","guid":{"rendered":"https:\/\/cegat.com\/?p=61014"},"modified":"2023-12-19T10:56:18","modified_gmt":"2023-12-19T09:56:18","slug":"einsatzgebiet-der-dragen-pipeline-erweitert","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/cegat.com\/de\/einsatzgebiet-der-dragen-pipeline-erweitert\/","title":{"rendered":"Einsatzgebiet der DRAGEN-Pipeline erweitert"},"content":{"rendered":"<div class=\"fusion-fullwidth fullwidth-box fusion-builder-row-1 fusion-flex-container has-pattern-background has-mask-background nonhundred-percent-fullwidth non-hundred-percent-height-scrolling\" style=\"--awb-border-radius-top-left:0px;--awb-border-radius-top-right:0px;--awb-border-radius-bottom-right:0px;--awb-border-radius-bottom-left:0px;--awb-flex-wrap:wrap;\" ><div class=\"fusion-builder-row fusion-row fusion-flex-align-items-flex-start fusion-flex-content-wrap\" style=\"max-width:1248px;margin-left: calc(-4% \/ 2 );margin-right: calc(-4% \/ 2 );\"><div class=\"fusion-layout-column fusion_builder_column fusion-builder-column-0 fusion_builder_column_1_1 1_1 fusion-flex-column\" style=\"--awb-bg-size:cover;--awb-width-large:100%;--awb-margin-top-large:0px;--awb-spacing-right-large:1.92%;--awb-margin-bottom-large:0px;--awb-spacing-left-large:1.92%;--awb-width-medium:100%;--awb-order-medium:0;--awb-spacing-right-medium:1.92%;--awb-spacing-left-medium:1.92%;--awb-width-small:100%;--awb-order-small:0;--awb-spacing-right-small:1.92%;--awb-spacing-left-small:1.92%;\"><div class=\"fusion-column-wrapper fusion-column-has-shadow fusion-flex-justify-content-flex-start fusion-content-layout-column\"><div class=\"fusion-text fusion-text-1\" style=\"--awb-content-alignment:justify;\"><p><strong>CeGaT Research &amp; Pharma Solutions passt die hausinternen Abl\u00e4ufe und Prozesse kontinuierlich an die Bed\u00fcrfnisse von Forschenden an. Deswegen setzen wir ab sofort die Illumina DRAGEN Bio-IT-Plattform auch f\u00fcr unsere Dienstleistungen im Bereich Whole Exome Sequencing und Translational Oncology ein, um unseren Kundinnen und Kunden neben den Sequenzierdaten zus\u00e4tzliche Analysen und Metriken anzubieten. <\/strong><\/p>\n<p>Die Illumina DRAGEN Bio-IT-Plattform (DRAGEN = Dynamic Read Analysis for GENomics) zeichnet sich durch beeindruckende Geschwindigkeit und Effizienz bei der Verarbeitung umfangreicher Sequenzierdaten aus. Sie bietet hochpr\u00e4zise Analysen, maximale Ressourceneffizienz und Skalierbarkeit f\u00fcr eine breite Palette von NGS-Anwendungen. Wir verwenden diese Pipeline bereits erfolgreich f\u00fcr die bioinformatische Auswertung unserer Genomsequenzierungen. Jetzt erweitern wir das Einsatzgebiet auf unsere Whole-Exome-Sequencing-Produkte sowie auf Dienstleistungen im Bereich Translational Oncology.<\/p>\n<p><strong>Erweiterte Datenauswertung und -ausgabe dank DRAGEN-Pipeline<\/strong><\/p>\n<p>Neben den bisherigen Dateien und Analysen erhalten unsere Kundinnen und Kunden nach der Umstellung zus\u00e4tzliche Daten. Im Konkreten bedeutet das f\u00fcr Sie:<\/p>\n<ul>\n<li><strong>Zus\u00e4tzliche Metriken<\/strong> erg\u00e4nzen alle bisherigen Daten und Informationen.<\/li>\n<li>Durch <strong>standardisierte Output-Formate (<\/strong> B. VCF-Format 4.2) sind die Daten f\u00fcr die Weiterverarbeitung mit einer Vielzahl von Softwareanwendungen geeignet<\/li>\n<li>Die Bestimmung von Kopienzahlver\u00e4nderungen (copy number variations, kurz CNVs) wird mit dem Ansatz des sogenannten &#8220;<strong>Panel of Normals<\/strong>&#8221; pr\u00e4ziser und reproduzierbarer.<\/li>\n<li>Neben der Annotation von Exomen ist nun auch die<strong> Annotation von Genomen m\u00f6glich<\/strong>.<\/li>\n<li>Die DRAGEN-Pipeline erm\u00f6glicht, zus\u00e4tzlich zur humanen Referenz hg19, das <strong>Mapping auf die neuere humane Referenz GRCh38<\/strong>.<\/li>\n<li>Ihre Sequenzdaten fassen wir in einem Projektbericht zusammen. Zus\u00e4tzlich wird ein <strong>MultiQC-Bericht<\/strong> generiert, der die interaktive Untersuchungen der sequenzierten Daten erm\u00f6glicht.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Starten Sie Ihr Forschungsprojekt mit uns und profitieren Sie von einer erweiterten Datenausgabe mit unserer DRAGEN-Pipeline. Wir freuen wir uns auf Ihre Kontaktaufnahme und beraten Sie gerne. Kontaktieren Sie uns unter <a href=\"mailto:rps@cegat.de\">rps@cegat.de<\/a> und erfahren Sie, wie wir Ihnen bei der Realisierung Ihres Forschungsvorhabens helfen k\u00f6nnen.<\/p>\n<\/div><div class=\"fusion-separator fusion-full-width-sep\" style=\"align-self: center;margin-left: auto;margin-right: auto;margin-bottom:30px;width:100%;\"><\/div><div ><a class=\"fusion-button button-flat fusion-button-default-size button-custom fusion-button-default button-1 fusion-button-default-span fusion-button-default-type\" 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